Jak podkreślił prezentując znany już opinii publicznej raport prezes Naczelnej Izby Kontroli Jacek Jezierski, ocena ogólna, jaką NIK wystawiła MON, MSZ, MSWiA, BOR i kancelarii premiera, jest negatywna w każdej z kontrolowanych jednostek - wszędzie wystąpiły mniejsze lub większe nieprawidłowości.
Te najpoważniejsze, według NIK, dotyczące 36. Specjalnego Pułku Lotnictwa Transportowego, Sił Powietrznych i MON, stwarzały nawet możliwość zagrożenia życia - MON powinien był więc zaalarmować władze o złym stanie sprzętowym i kadrowym w Pułku. Wytknięto też błędy w organizacji ochrony VIP-ów przez BOR, MSWiA - nieprawidłowy nadzór nad BOR w tym zakresie, zaś MSZ i KPRM - nieprawidłowości w koordynacji przygotowań.
Według Jezierskiego z raportu wynika, że polskich funkcjonariuszy nie wpuszczono na rekonesans na lotnisko w Smoleńsku .
Prezes NIK, oceniając działalność KPRM jako koordynatora korzystania z rządowych samolotów, wspomniał sytuację z października 2008 r., gdy odmówiono prezydentowi Lechowi Kaczyńskiemu skorzystania z państwowego samolotu, którym chciał się udać na szczyt do Brukseli. Ta odmowa - jak mówił Jezierski - została przez NIK oceniona jako . Niemniej - dodał prezes NIK - ten przykład pokazuje, że KPRM wykonywała swoją funkcję koordynatora, choć nie zawsze w odpowiedni sposób.
W konkluzji Jezierski postuluje, aby kwestię organizacji lotów oraz to, kto jest odpowiedzialny za te operacje, uregulowała ustawa, a nie - jak obecnie - dokument stosunkowo niskiej rangi, jakim jest porozumienie między kancelariami Sejmu, Senatu, prezydenta i premiera.
