To właśnie od tej świątyni Ojciec Święty Jan Paweł II rozpoczął swą pierwszą pielgrzymkę w Polsce w 1979 roku. Później odwiedzał ją jeszcze w: 1983, 1987, 1991 i 1999 roku.

Po spotkaniu z duchownymi, Benedykt XVI będzie się modlił przed grobami dwóch polskich prymasów, kardynałów: Augusta Hlonda i Stefana Wyszyńskiego.

Katedra, wybudowana na przełomie XIII i XIV wieku, była świadkiem wielu ważnych wydarzeń w historii Polski. Z ambony kolegiaty św. Jana ks. Piotr Skarga wygłaszał słynne kazania. W jej murach odczytano akt powołania Komisji Edukacji Narodowej oraz zaprzysiężono Konstytucję 3 Maja. Tam też odprawione zostało nabożeństwo poprzedzające otwarcie prac Sejmu Ustawodawczego 10 lutego 1919 roku. W 1919 roku w warszawskiej katedrze sakrę biskupią przyjął nuncjusz apostolski w Polsce Achille Ratti, który w 1922 roku został papieżem i przyjął imię Pius XI.