W opinii sądu analiza treści zeznań oskarżonego nie pozwala w zasadny sposób czynić oskarżonemu zarzutu, że zeznając w prokuraturze, zatajał informację. Zdaniem sądu sformułowana w akcie oskarżenia teza, że Kowalczyk miał przekazać informację o czynnościach operacyjnych CBŚ ówczesnemu wiceministrowi SWiA Zbigniewowi Sobotce, jest wyłącznie jedną, mniej lub bardziej prawdopodobną hipotezą, której nie sposób uznać za udowodnioną.
Proces komendanta w kieleckim sądzie toczył się po raz trzeci.
We wrześniu 2008 roku Sąd Okręgowy w Kielcach prawomocnie uniewinnił Kowalczyka od zarzutu niedopełnienia obowiązku służbowego w związku z "aferą starachowicką". Do ponownego rozpoznania skierował sprawę składania fałszywych zeznań i zatajania prawdy w śledztwie dotyczącym afery.
Prokuratura Okręgowa w Rzeszowie zarzuciła generałowi niedopełnienie obowiązku służbowego oraz składanie fałszywych zeznań podczas śledztwa dotyczącego tzw. przecieku starachowickiego.
