Wojciech Różycki z Prokuratury Okręgowej w Rzeszowie poinformował po rozprawie PAP, iż zażądał dla oskarżonego kary roku pozbawienia wolności i trzyletniego zakazu zajmowania stanowisk w administracji publicznej. Obrońca wniósł o uniewinnienie.
Ze względu na możliwość ujawnienia tajemnicy państwowej i służbowej proces, który rozpoczął się w styczniu 2010 r., odbywał się przy drzwiach zamkniętych.
Proces komendanta w kieleckim Sądzie Rejonowym toczył się po raz trzeci.
We wrześniu 2008 r. Sąd Okręgowy w Kielcach prawomocnie uniewinnił Kowalczyka od zarzutu niedopełnienia obowiązku służbowego w związku z "aferą starachowicką". Do ponownego rozpoznania sąd skierował sprawę składania fałszywych zeznań i zatajania prawdy w śledztwie dotyczącym "afery".
Jednak proces w sądzie rejonowym nie mógł się szybko rozpocząć, ponieważ kasację od wyroku uniewinniającego złożyła Prokuratura Okręgowa w Rzeszowie i akta sprawy trafiły do Sądu Najwyższego. Ze względu na to, iż większość dowodów jest w materiałach niejawnych, nie można było sporządzić akt zastępczych. Sąd Najwyższy oddalił kasację jako bezzasadną.
Sąd Okręgowy w Kielcach we wrześniu 2008 r. badał sprawę na skutek apelacji Kowalczyka i jego obrońców, którzy odwołali się od wyroku sądu rejonowego. Ten w grudniu 2007 roku, w drugim procesie, skazał b. komendanta, oskarżonego o niedopełnienie obowiązku służbowego oraz składanie fałszywych zeznań i zatajanie prawdy w związku ze sprawą "przecieku starachowickiego", łącznie na rok i dwa miesiące pozbawienia wolności. Orzekł wobec niego także trzyletni zakaz zajmowania stanowisk w administracji publicznej. Sąd okręgowy zmienił zaskarżony wyrok.
W pierwszym procesie w tej sprawie w marcu 2006 r. sąd rejonowy uniewinnił Kowalczyka uznając, że nie informując prokuratury o "przecieku" informacji o planowanej akcji CBŚ w Starachowicach i składając fałszywe zeznania, realizował on swoje prawo do obrony.
Apelację prokuratury od tego wyroku miał badać Sąd Okręgowy w Kielcach, ale zadał pytanie prawne Sądowi Najwyższemu, który - badając apelację w wyjątkowym trybie - uchylił wyrok i zwrócił sprawę do ponownego rozpatrzenia.
Prokuratura Okręgowa w Rzeszowie zarzuciła generałowi niedopełnienie obowiązku służbowego oraz składanie fałszywych zeznań podczas śledztwa dotyczącego tzw. "przecieku starachowickiego". Niedopełnienie obowiązku miało - według śledczych - polegać na tym, że Kowalczyk, jako szef policji, nie poinformował prokuratury o popełnieniu przestępstwa ściganego z urzędu. Chodzi o wyciek tajnych informacji z Ministerstwa Spraw Wewnętrznych i Administracji o planowanej akcji policji przeciw grupie przestępczej w Starachowicach.
Drugi z zarzutów dotyczy wielokrotnego składania fałszywych zeznań i zatajania prawdy w Prokuraturze Okręgowej w Kielcach.
Sprawa "przecieku" dotyczy wydarzeń z marca 2003 roku. Według ustaleń sądów w Kielcach i Krakowie, ówczesny wiceminister SWiA Zbigniew Sobotka uzyskał od gen. Kowalczyka informacje o tajnej akcji CBŚ przeciw starachowickim przestępcom. Przekazał je następnie posłowi SLD Henrykowi Długoszowi, a ten posłowi Andrzejowi Jagielle. Informacja o zamiarach policji dotarła do dwóch samorządowców starachowickich, a następnie do osoby podejrzewanej o kierowanie rozpracowywaną grupą przestępczą - Leszka S.
W 2005 roku w procesie dotyczącym wycieku tajnych informacji o planowanej policyjnej akcji zostali skazani byli posłowie Jagiełło i Długosz - odpowiednio na rok i półtora roku więzienia - oraz były wiceszef MSWiA Zbigniew Sobotka - na trzy i pół roku więzienia. Sobotkę w grudniu 2005 r. ułaskawił odchodzący prezydent Aleksander Kwaśniewski, który złagodził mu karę do roku więzienia w zawieszeniu na dwa lata. Jagiełło w październiku 2006 roku, a Długosz we wrześniu 2007 roku - warunkowo opuścili więzienie przedterminowo po odbyciu połowy kary.