W 2008 r. Orlen, jeden z ważniejszych klientów należących do litewskiego skarbu państwa litewskich kolei, postanowił przekierować swoje przewozy towarowe z Litwy na Łotwę i korzystać z usług innego przewoźnika kolejowego. W październiku 2008 r. koleje litewskie zdemontowały w pobliżu jego rafinerii 19-kilometrowy odcinek torów łączący oba kraje. Usunięcie tego odcinka spowodowało, że Orlen został zmuszony do korzystania z dużo dłuższej drogi, aby przewozić ładunki na Łotwę. Zdemontowanego odcinka torów kolejowych nadal nie odbudowano.

Litewski przewoźnik wykorzystał fakt, że kontroluje krajową infrastrukturę kolejową, aby zaszkodzić swoim konkurentom. Unia Europejska potrzebuje sprawnie funkcjonującego rynku kolejowych przewozów towarowych. Działanie spółki polegające na demontażu publicznej infrastruktury kolejowej, aby chronić się przed konkurencją, jest niedopuszczalne i bezprecedensowe - powiedziała w poniedziałek Margrethe Vestager, europejska komisarz odpowiedzialna za politykę konkurencji.

KE poinformowała PAP, że litewskie koleje oprócz kary będą musiały przedstawić też Komisji rozwiązanie problemu tak, żeby Orlen nie był zmuszony do korzystania z dużo dłużej drogi przewozu ładunków na Łotwę.

Według KE, koleje litewskie nie przedstawiły żadnego obiektywnego uzasadnienia usunięcia odcinka torów. Zdaniem Komisji, takie zachowanie stanowi naruszenie art. 102 Traktatu o funkcjonowaniu Unii Europejskiej (TFUE), który zakazuje nadużywania dominującej pozycji na rynku.

Litewski minister transportu Rokas Masiulis oznajmił w poniedziałek, że Litwa będzie broniła swojego interesu ws. poniedziałkowej decyzji KE o ukaraniu jej grzywną. Wykorzystamy wszystkie możliwe środki w obronie interesu Litwy. Jednocześnie dołożymy wszelkich starań, by dialog w Komisją Europejską przebiegał konstruktywnie - czytamy w komentarzu ministra Masiulisa na stronie internetowej litewskiego resortu transportu.

Minister zaznacza, że obecnie nowe kierownictwo spółki analizuje decyzję Komisji Europejskiej, po czym podejmie decyzję o możliwości odwołania się od niej.

W następstwie skargi złożonej przez Orlen Komisja przeprowadziła w 2011 r. kontrole w siedzibie kolei litewskich i wszczęła w marcu 2013 r. formalne postępowanie z zakresu ochrony konkurencji. W międzyczasie Orlen prowadził rozmowy z władzami Litwy, które miały rozwiązać ten problem logistyczny, ale nie przyniosło to rezultatu.

Każda osoba czy firma ponosząca skutki zachowania antykonkurencyjnego, tak jak w tym przypadku, może wnieść sprawę do sądów w państwach członkowskich i ubiegać się o odszkodowanie. Zarówno orzecznictwo Trybunału, jak i rozporządzenie unijne potwierdzają, że w sprawach prowadzonych przed sądami krajowymi decyzja Komisji stanowi wiążący dowód tego, że takie zachowanie miało miejsce i było nielegalne.

W 2006 r. PKN Orlen kupił za 1,49 mld dol. od Jukosu 53,7 proc. akcji litewskiej spółki Mażeikiu Nafta, zarządzającej rafinerią w Możejkach, a następnie na mocy umowy z rządem Litwy nabył kolejne 30,66 proc. udziałów za ponad 852 mln dol. Po sfinalizowaniu sześć lat temu z rządem Litwy umowy kupna pozostałych 10 proc. udziałów i przeprowadzonym wykupie od drobnych inwestorów płocki koncern posiada 100 proc. akcji litewskiej rafinerii, która w 2009 r. zmieniła nazwę na Orlen Lietuva. Według danych PKN Orlen na kupno Orlen Lietuva oraz na prowadzone tam od 2006 r. inwestycje płocki koncern wydał ok. 4 mld dol. Wynik netto Orlen Lietuva za 2016 r. wyniósł 238 mln dol., a za pierwszy kwartał tego roku 43 mln dol. Obecnie Orlen Lietuva jest największym podatnikiem na Litwie.