Przygotowania do rozpoczętej 28 kwietnia 1947 r. Akcji „Wisła” trwały od jesieni 1946 roku. Pomysł operacji powstał w Sztabie Generalnym WP.
27 marca 1947 roku zastępca szefa Sztabu Generalnego gen. Stefan Mossor przedstawił Państwowej Komisji Bezpieczeństwa plan akcji. Został on zaakceptowany dwa dni później przez Biuro Polityczne PPR, które zadecydowało także o powołaniu Grupy Operacyjnej „Wisła” oraz o zasadach wysiedlenia i ewakuacji. Pretekst dla uzasadnienia wysiedleń Ukraińców i zastosowania wobec nich zbiorowej odpowiedzialności dało zastrzelenie 28 marca 1947 r. wiceministra obrony narodowej gen. Karola Świerczewskiego w zasadzce zorganizowanej przez UPA.
GO „Wisła” powierzono zadanie całkowitej likwidacji oddziałów UPA oraz przeprowadzenie „ewakuacji z południowego i wschodniego pasa przygranicznego wszystkich osób narodowości ukraińskiej na ziemie północno-zachodnie, osiedlając je tam w możliwie najrzadszym rozproszeniu”. Ewakuacja miała dotyczyć „wszystkich odcieni narodowości ukraińskiej z Łemkami włącznie”, obejmować miała także mieszane rodziny polsko-ukraińskie.
Ryszard Torzecki w książce „Polacy i Ukraińcy”, zastanawiając się nad rolą strony sowieckiej w podejmowaniu decyzji o wysiedleniach Ukraińców, pisał, że „decyzję tak brzemienną w skutki polityczne mógł podjąć Stalin lub Beria”. Historyk oceniał, że najważniejsze kwestie mogły być ustalane w Moskwie, a następnie przekazywane do Warszawy, m.in. poprzez ministra bezpieczeństwa publicznego Stanisława Radkiewicza.
Do akcji przesiedleń skierowano blisko 20 tys. żołnierzy Wojska Polskiego i Korpusu Bezpieczeństwa Wewnętrznego, których wspomagała Milicja Obywatelska, Urząd Bezpieczeństwa Publicznego, oddziały Wojsk Ochrony Pogranicza i Służby Ochrony Kolei. Z siłami polskimi współpracowali żołnierze czechosłowaccy i sowieccy, blokujący granicę z Polską.
Na mocy decyzji Biura Politycznego PPR dowództwo GO „Wisła” objął gen. Stefan Mossor, jego zastępcami zostali wiceminister bezpieczeństwa publicznego płk Grzegorz Korczyński i dowódca KBW płk Juliusz Huebner.
Liczebność wojsk UPA w tym czasie do dziś budzi dyskusje. Sztab GO „Wisła” oceniał, że liczyły one ponad 2400 żołnierzy i ponad 700 członków cywilnej siatki Organizacji Ukraińskich Nacjonalistów. Dowódca UPA w Polsce płk Mirosław Onyszkiewicz „Orest” twierdził natomiast, że UPA dysponowała wówczas liczbą około 1400 ludzi.
Akcja „Wisła” rozpoczęta o świcie 28 kwietnia 1947 r. trwała trzy miesiące. Przebiegała w sposób brutalny i bezwzględny. Ludność ukraińska zmuszana była do opuszczania swoich domów w ciągu 2-3 godz. Pozwalano jej zabrać jedynie 25 kg ładunku. W czasie wysiedlania dochodziło do grabieży i podpalania zabudowań. Przeprowadzano również selekcje w celu wykrycia członków UPA i jej sympatyków. Podejrzanych kierowano do obozu koncentracyjnego w Jaworznie, w którym panowały straszne warunki. W sumie trafiło tam blisko 4 tys. osób, w tym ponad 800 kobiet i kilkanaścioro dzieci. 161 Ukraińców poniosło w nim śmierć, której przyczyną był głód, choroby i stosowane w obozie tortury.
Do końca maja 1947 r. wysiedlono ludność ukraińską z powiatów: Lesko, Sanok, Przemyśl, Brzozów i częściowo Lubaczów. W czerwcu powiat Jarosław, Lubaczów oraz woj. lubelskie.
Wysiedlana ludność wysyłana była do miejsc, w których oczekiwała na transporty. Najczęściej były to silnie strzeżone pastwiska otoczone drutem kolczastym. W takich warunkach niekiedy kilkutysięczny tłum, przestraszonych i wycieńczonych ludzi oczekiwał na decyzje dotyczące dalszego losu. Podróż do miejsca osiedlenia była prawdziwą gehenną. „Wagony przerażały samym swoim wyglądem – wspomina Kateryna Mudra – były okręcone drutem kolczastym, a w środku brud i smród, bo wcześniej przewożono nimi bydło”.
W czasie transportów zmarło co najmniej 27 osób. Część przesiedleńców wspomina także, że również w trakcie podróży zdarzały się przypadki bicia i gwałtów ze strony żołnierzy. Ukraińcy otrzymywali często gospodarstwa zaniedbane i zniszczone. Osiedlano ich w woj. szczecińskim, olsztyńskim, koszalińskim, wrocławskim, gdańskim, zielonogórskim i opolskim. Ich liczba w stosunku do mieszkających tam Polaków nie mogła przekraczać 10 proc.
Akcję „Wisła” zakończono 31 lipca 1947 roku. Wg danych Sztabu Generalnego WP w czasie jej trwania wysiedlono 140 575 Ukraińców, w tym Łemków i członków rodzin mieszanych. Równolegle z wysiedleniami prowadzono działania przeciwko UPA. W ich wyniku doprowadzono do rozbicia ukraińskiej partyzantki. Zginęli prawie wszyscy jej dowódcy. Wg oficjalnych danych UPA straciła w czasie Akcji „Wisła” 1135 ludzi, w tym 543 zabitych.
Działający od połowy maja do połowy września 1947 roku Wojskowy Sąd GO „Wisła” rozpatrzył 285 spraw. W większości dotyczyły one osób cywilnych, spośród których 173 skazano na karę śmierci, a 58 na kary dożywotniego więzienia. Przez pierwsze trzy miesiące działalności sądu skazani praktycznie nie mieli możliwości zabiegania o prawo łaski, a wyroki były wykonywane w ciągu kilku dni od ich wydania. Sąd rozpatrywał też sprawy 49 oficerów i żołnierzy polskich z GO „Wisła”. Część z nich skazano na karę aresztu i więzienia.
Przez dziesiątki lat Polski Ludowej przesiedleni Ukraińcy nie mogli powracać ani nawet przyjeżdżać na tereny, z których ich wysiedlono.
Do dnia dzisiejszego Akcja „Wisła” wzbudza ogromne kontrowersje. Na pytanie, czy była rzeczywiście konieczna, Tadeusz A. Olszański, autor książki „Konflikt polsko-ukraiński 1943-1947”, odpowiadał: Likwidacja partyzantki ukraińskiej – niewątpliwie tak, gdyż żadne państwo nie może tolerować na swym terytorium zbrojnej irredenty. Konieczność ta jednak nie może usprawiedliwić zastosowanych w jej toku metod, a konkretnie – wysiedlenia. Gdyby nawet istotnie niezbędne było usunięcie z terenów objętych walkami ludności cywilnej – należało ludność tę skoncentrować w silnie strzeżonych wsiach-obozach, a po zakończeniu walk pozwolić na powrót do domów.
Prof. Grzegorz Motyka w artykule opublikowanym w portalu historycznym dzieje.pl stwierdza: Można ówczesnym władzom państwowym wręcz postawić zarzut, że problem działalności ukraińskiego podziemia przez długi czas bagatelizowały koncentrując swoje działania na zniszczeniu formacji "żołnierzy wyklętych". Przymusowe wysiedlenia nie były jednak jedynym sposobem likwidacji UPA. Jeśli udało się zlikwidować oddziały polskiej partyzantki na Białostocczyźnie, północnym Mazowszu czy w Lubelskiem bez uciekania się do tego środka przymusu, również w przypadku OUN i UPA nie było to niezbędne. Przymusowe wysiedlenia przeprowadzono nie dlatego, że były jedynym sposobem zwalczenia UPA, ale najprostszym i najłatwiejszym do wykonania".
Wysiedlanie Ukraińców z Polski rozpoczęło się już 15 października 1944 r. i było konsekwencją umowy o wymianie ludności podpisanej 9 września 1944 r. przez PKWN z władzami Ukraińskiej Socjalistycznej Republiki Sowieckiej. Władze polskie, ażeby skłonić jak największą ilość Ukraińców do wyjazdu, pozbawiły ich prawa do ziemi przyznawanej w ramach reformy rolnej, ponadto zlikwidowały ukraińskie szkolnictwo, organizacje oświatowe i Cerkiew greckokatolicką.