Przed wyborami arcybiskup jasno dawał do zrozumienia, że nie chce kandydować po raz drugi na funkcję przewodniczącego Episkopatu, ponoć spakował nawet swoje rzeczy w sekretariacie w Warszawie, a mimo to został ponownie wybrany. bo myślałem, że okres mojej pięcioletniej posługi jest wystarczający" - przyznał po ogłoszeniu wyników sam arcybiskup Józef Michalik. "Ale nieraz trzeba robić coś wbrew własnej woli."
Na pytanie o to, co chciałby zmienić w swojej pracy, odparł: "wszystko chciałem zmienić i dlatego prosiłem o niebranie mnie pod uwagę". Podkreślił, że jako przewodniczący KEP musi "dobrze nasłuchiwać znaków czasu i pogłębiać wrażliwość na potrzeby człowieka". Dodał, że obecnie m "Zadaniem Kościoła nie jest zwyciężać, ale głosić prawdę" - powiedział.
Co robi przewodniczący Konferencji Episkopatu Polski? Przede wszystkim koordynuje pracę polskiego Episkopatu, który liczy ponad 130 biskupów, a więc jest jednym z większych na świecie. i nic im nie może nakazać, nadaje jednak kierunek pracom Episkopatu i wskazuje priorytety duszpasterskie. Stąd jego wpływ na kształt Kościoła lokalnego, w poszczególnych diecezjach, jest dość duży, choć pośredni.
W imieniu Kościoła zabiera głos w sprawach publicznych, dotyczących życia społecznego czy politycznego w skali całej Polski. Bardzo ważnym zadaniem przewodniczącego jest też Reprezentuje też Episkopat na zewnątrz, szczególnie w kontaktach z episkopatami innych krajów europejskich. Bierze również udział w międzykontynentalnych spotkaniach biskupów, a więc pełni swą funkcję w wymiarze światowym.
>>>Abp Michalik: polityka prorodzinna to fikcja
a jednocześnie pełną swobodę biskupom diecezjalnym" - ocenia przyczyny jego sukcesu jeden z biskupów.
Wybór abp Michalika na ponowną kadencję można traktować w kategoriach paradoksu. Na czele Kościoła w Polsce stanął ponownie , ale w poprzedniej kadencji robił wszystko, aby nie odcisnąć swojego piętna na Kościele. Taka postawa wynika z koncepcji przewodniczącego, jaką przyjął. Gdy w wywiadzie dla DZIENNIKA podsumowywał w styczniu pierwszą kadencję, stwierdził: "Starałem się nie narzucać innym swojego zdania, często rezygnowałem z własnego, ale nigdy wbrew przekonaniom, i to uważam za swój sukces".
W ciągu pięciu lat przewodniczenia Episkopatowi ani razu nie spotkał się oficjalnie z prezydentem Aleksandrem Kwaśniewskim czy Lechem Kaczyńskim, nie mówiąc o kolejnych premierach. Jak wyjaśnia, nie chce być posądzany mieszanie się do polityki. Kiedy w styczniu ubolewał w wywiadzie dla DZIENNIKA nad chłodnymi relacjami z obecny rządem, stwierdził: „Może to i lepiej, bo zbytnia bliskość mogłaby prowadzić do utraty wiarygodności Kościoła wobec ludzi”.
Jednak jak każdy ma swoje poglądy polityczne. Nie jest tajemnicą, że jego ulubionym politykiem jest Marek Jurek, którego zna jeszcze z końca lat 80., gdy był biskupem zielonogórsko-gorzowskim. Jednak ta bliskość bardziej wynika z postawy Jurka w sprawie obrony życia niż zaangażowania politycznego.
>>>Biskupi znów zaufają abp. Michalikowi?
Myliłby się jednak ktoś, kto sądzi, że abp Michalik nie ma wyrazistej osobowości. Nie boi się zabierać głosu w sprawach trudnych. W czerwcu 2007 r. powiedział, że parlamentarzyści nie zdali egzaminu moralnego, bo nie udało się im przegłosować wzmocnienia konstytucyjnej ochrony życia. "Chcę bardzo jasno i wyraźnie powiedzieć, że ci posłowie, którzy poszli za jakimś interesem politycznym, za jakimiś rozgrywkami, przetargami, zarówno z opozycji, jak i z partii rządzącej, nie powinni mieć spokojnego sumienia" - podkreślał.
w sprawie Radia Maryja, Trudno go jednak zakwalifikować jako zwolennika redemptorysty, bowiem w toruńskiej rozgłośni nie występuje, a ze słuchaczami Radia Maryja miał nawet bardzo traumatyczne przejścia. Grozili mu utopieniem w Sanie, gdy wymówił toruńskiej stacji częstotliwość, bo zakładał diecezjalną rozgłośnię.
Wykazał się też wielką odwagą cywilną, gdy na początku 2007 r., ledwie w miesiąc po odwołanym ingresie abp. Stanisława Wielgusa, znalazły się materiały SB, z których wynikało, że złożył wyjaśnienia i poprosił o ocenę całej sprawy niezależnych historyków, którzy oczyścili go z oskarżenia. Taką postawą zyskał powszechne uznanie, nawet tak surowy lustrator duchownych jak ks. Tadeusz Isakowicz-Zaleski podaje go za przykład wzorcowego rozwiązania tej trudnej sprawy.
>>>Arcybiskup Michalik mocnym kandydatem
Kluczem do zrozumienia osobowości abp. Michalika jest jego wiara, przez pryzmat której ocenia rzeczywistość społeczną. Niektórzy biskupi podnieśli głośne larum, tymczasem abp Michalik stwierdził, że choć nie zgadza się na taką inicjatywę, jednak jeśli tak się stanie, to należy przyjąć to jako wolę Bożą i okazję do praktykowania cnoty ubóstwa, bowiem siłą Kościoła nie jest jego bogactwo, a solidarność z ubogimi.