Akt oskarżenia Prokuratury Apelacyjnej w Gdańsku przeciwko Karnowskiemu - zawierający sześć zarzutów, w tym pięć korupcyjnych - trafił do Sądu Rejonowego w Sopocie w czerwcu. Wśród zarzutów postawionych Karnowskiemu znalazło się m.in. zażądanie w marcu 2008 r. łapówki w postaci dwóch mieszkań od miejscowego biznesmena Sławomira Julke.
W lipcu sopocki sąd zwrócił prokuraturze akt oskarżenia, uznając, że przedstawiony przez śledczych materiał dowodowy (w tym m.in. opinie biegłych) wymaga uzupełnienia. Prokuratura złożyła zażalenie na tę decyzję.
W maju 2009 r. po postawieniu pierwszych zarzutów prokuratorskich z inicjatywy Karnowskiego odbyło się w Sopocie referendum ws. jego odwołania z funkcji prezydenta miasta. Większość głosujących uznała, że Karnowski powinien pozostać na swoim stanowisku. W lipcu 2008 r. po nagłośnieniu tzw. afery sopockiej Karnowski zrzekł się członkostwa w Platformie Obywatelskiej, której był na Pomorzu jednym z założycieli. W poniedziałek sopocka PO zdecydowała, że Karnowski będzie kandydatem Platformy na prezydenta Sopotu w jesiennych wyborach samorządowych.
