O dokonanie zbrodni wojennej zabójstwa cywili oraz ostrzelania niebronionego obiektu, prokuratura wojskowa oskarżyła siedmiu żołnierzy: dowódcę zgrupowania, który miał wydać rozkaz, podporucznika - dowódcę patrolu wysłanego na miejsce oraz pięciu podległych mu żołnierzy: chorążego, plutonowego i trzech szeregowych. Był to pierwszy w Polsce po II wojnie światowej proces ws. zbrodni wojennej.
Bardzo byśmy chcieli, żeby prokuratura zbadała, jaka była rola Antonioniego Macierewicza w tamtych wydarzeniach. Jak to się stało, że żołnierze zostali oskarżeni przez polskich polityków o zbrodnię wojenną. Jak to się stało, że nie dopuszczono do zeznań naszych amerykańskich sojuszników, nie słuchano również polskich generałów - mówiła we wtorek podczas posiedzenia powołanego przez PO parlamentarnego zespołu ds. bezpieczeństwa państwa, jego członkini Joanna Kluzik-Rostkowska (PO).
Zapowiedziała również, że "w ciągu najbliższych kilku dni" Platforma Obywatelska złoży do prokuratury wniosek w tej sprawie.
B. szef MON Tomasz Siemoniak (PO), który również zasiada w zespole parlamentarnym, powiedział PAP, że w sprawie Nangar Khel "słusznie skupiono się na samym wątku tego nieszczęsnego zdarzenia", ale - jak zaznaczył - "nie można zapomnieć o kwestii odpowiedzialności za to, co się wokół tego działo". - Jak to było możliwe, że podjęto takie działania w których oskarżono polskich żołnierzy o to, że dopuścili się zbrodni wojennej. Interesuje nas, co tutaj się działo i dlaczego takie decyzje podjęto - mówił polityk PO.
W jego ocenie, zbadania wymaga w tym kontekście "rola szefów służb i polityków w tamtym czasie". Antoni Macierewicz kierował SKW w latach 2006-2007.
W 2011 r. Wojskowy Sąd Okręgowy w Warszawie uniewinnił wszystkich siedmiu żołnierzy, a apelacje rozpoznawała Izba Wojskowa SN. W 2012 r. SN prawomocnie uniewinnił najwyższego rangą z podsądnych kpt. Olgierda C. oraz dwóch szeregowych. Do ponownego rozpoznania wróciła natomiast wówczas sprawa czterech członków plutonu, który został wysłany przez kpt. C. pod Nangar Khel: dowódcy plutonu ppor. Łukasza Bywalca, jego zastępcy chor. Andrzeja Osieckiego, plut. Tomasza Borysiewicza oraz szer. Damiana Ligockiego (zgadzają się na podawanie swych danych).
W ponownym procesie pierwszej instancji prokuratura wojskowa żądała kary 8 lat więzienia dla Bywalca, 12 lat - dla Osieckiego, 8 lat - dla Borysiewicza i 5 lat dla Ligockiego. - Oskarżeni działali z zamiarem umyślnym; co najmniej godzili się na śmierć cywili - mówił wtedy prokurator. WSO uznał tę sprawę nie za zbrodnię wojenną, lecz za nieprawidłowe wykonanie rozkazu i skazał za to trzech oskarżonych na kary więzienia w zawieszeniu, zaś wobec Ligockiego warunkowo umorzył postępowanie, uznając jego winę.
Apelacje złożyły i prokuratura i obrona. Oskarżyciel chciał ponownego procesu o zbrodnię wojenną, a obrona walczyła o całkowite uniewinnienie.
W lutym 2016 r. trzyosobowy skład Izby Wojskowej Sądu Najwyższego uznał wyrok I instancji za prawidłowy i utrzymał go w mocy.