Bronisław Komorowski stawił się przed Sądem Okręgowym w Warszawie, gdzie jako kandydat na prezydenta miał obowiązek poddać się procesowi lustracyjnemu. Sąd uznał, że Komorowski złożył prawdziwe oświadczenie lustracyjne i może kandydować na prezydenta.
To pierwszy proces lustracyjny osób kandydujących na ten urząd - wszyscy kandydaci urodzeni przed 1 sierpnia 1972 roku muszą przejść tę procedurę. Środowemu procesowi przewodniczył sędzia Tomasz Julian Grochowicz. Prokurator Skrok oświadczył przed sądem, że oświadczenie lustracyjne Komorowskiego, który stwierdził, że nie był on agentem, było badane przez IPN i nie stwierdzono jego nieprawdziwości.
Zgodnie z prawem kandydaci na prezydenta RP są lustrowani z urzędu przez sądy okręgowe właściwe dla miejsc ich zamieszkania. Państwowa Komisja Wyborcza rozesłała im oświadczenia lustracyjne kandydatów co do ich ewentualnych związków ze służbami specjalnymi PRL. Po otrzymaniu oświadczenia sąd wydaje orzeczenie w I instancji w 21 dni, a w II instancji - w 14 dni. Prawomocny wyrok o złożeniu niezgodnego z prawdą oświadczenia powoduje m.in. pozbawienie danej osoby na lat 10 biernego prawa wyborczego na urząd prezydenta.
W kwietniu 2009 roku pion lustracyjny IPN uznał, że nie ma wątpliwości co do jego oświadczenia lustracyjnego, w którym napisał, że nie był on agentem. Jak wynika z katalogów osób publicznych, informacji dostępnej na stronach internetowych IPN, Komorowski w latach 70. i 80. był inwigilowany jako opozycjonista.
SB badała jego związki z KOR, ROPCiO, KPN oraz Klubem Służby Niepodległości. Badano też jego udział w "opracowywaniu, przygotowywaniu do druku i drukowaniu nielegalnych wydawnictw" oraz w "antysocjalistycznych zgromadzeniach i manifestacjach". W sprawie przeciw Komorowskiemu wykorzystywano tajnych współpracowników oraz środki techniki operacyjnej: podsłuch telefoniczny i pokojowy, obserwację, skrycie przeglądano też jego korespondencję. SB inwigilowała też jego matkę.
Komorowski był internowany w stanie wojennym. W 1984 r. został skazany za udział w nielegalnej manifestacji trzeciomajowej zorganizowanej przed Grobem Nieznanego Żołnierza (wyrok skazujący wydał sędzia Andrzej Kryże - w rządzie PiS wiceminister sprawiedliwości - IPN prowadzi śledztwo w tej sprawie).
