NIK pisze o szeregu nieprawidłowości. Zwraca uwagę, że brakowało ludzi i odpowiednich procedur na wypadek nieprzewidzianych problemów.
Gdy spółka wyłoniła inwestora zastępczego, okazało się, że inspektorzy nie pojawiali się na budowie, nie reagowali na zgłaszane usterki. NIK twierdzi również, że wadliwie prowadzono dokumentację budowlaną.
W efekcie do wykonania pasa startowego wykorzystano margiel. A to spowodowało odpryski w betonowej nawierzchni i lotnisko trzeba było zamknąć na pół roku. Regularne loty wróciły dopiero we wrześniu 2013 roku.
Wyłączenie lotniska z użytkowania spowodowało straty finansowe przekraczające 34 mln złotych.
NIK krytykuje spółkę za to, że wykonawca nie dysponował dokumentacją, która nakazywałaby wykluczenie obecności ziaren o dużej nasiąkliwości, podatnych na uszkodzenia przy zamarzaniu i rozmarzaniu.
Kolejny zarzut dotyczy ponadplanowych zamówień. NIK wylicza, że było ich 62 o łącznej wartości 16 195 tys. zł netto. Dodatkowo wykonawcy robót zostali wyłonieni z naruszeniem przepisów prawa, po przeprowadzeniu postępowań w trybie zamówienia z wolnej ręki, pomimo braku przesłanek pozwalających na zastosowanie tego trybu.
Co więcej z powodu niestarannego przygotowania dokumentacji przetargowej trzeba było zawrzeć z dotychczasowym wykonawcą kolejnych dwóch umów na roboty dodatkowe, na które Spółka wydała ponad 5 mln złotych, co w ocenie NIK było wydatkiem niegospodarnym.
Najciekawsze, że spółka z powodu utraty zaufania do inwestora zastępczego, który miał nadzorować roboty wynajęła sobie kolejnego nadzorcę. W efekcie te same prace były nadzorowane podwójnie.
Na tego rodzaju umowy spółka wydała ponad 500 tysięcy złotych. W ocenie NIK były to działania niegospodarne. NIK negatywnie ocenia również zawarcie kolejnej umowy z inwestorem zastępczym, wobec którego spółka utraciła zaufanie. Z tytułu realizacji umowy Spółka zapłaciła inwestorowi zastępczemu ponad 300 tysięcy złotych, w dodatku, w części za prace objęte wcześniejszą umową.
NIK zwraca też uwagę na bierność nadzoru budowlanego. Mimo wystąpienia szczególnych okoliczności, jakimi były: rodzaj obiektu, charakter stwierdzonych na lotnisku usterek (odpryski pasa startowego) i związane z użytkowaniem lotniska zagrożenia dla pasażerów, nadzór budowlany ograniczył się do wydania warunkowego pozwolenia na użytkowanie pasa startowego lotniska w Modlinie nie sprawdzając przez kilka miesięcy, czy i jak zarządca lotniska realizuje warunki określone w decyzji.