Jak wspominają świadkowie, którzy przeżyli pogrom 10 lipca 1941 roku mieszkańcy Jedwabnego i sąsiednich miejscowości od rana wypędzali okolicznych Żydów z domów i zapędzali ich na rynek miasta. Tam miało dojść do pierwszych mordów. Żydów bito i poniżano, kazano im sprzątać plac, śpiewać obelżywe pieśni i wyrywać trawę spomiędzy płyt bruku.
Całe miasteczko było na ulicy, był upał, ludzie ginęli z pragnienia, nie pozwolili dostąpić do studni. Ester Dobrzańska prosiła o wodę, zemdlała, nie pozwolili ratować, matkę zabili (chciała podać wodę). Betkę Brzozowską, z dzieckiem na ręku, zabili Polacy jej dziecko. Ośmiu gestapowców było obecnych, stali, nie mordowali i robili zdjęcia - zeznał Szmul Wassersztajn, jeden z nielicznych jedwabieńskich Żydów, którym dane było przeżyć pogrom.
Fragmenty jego porażającego świadectwa po raz pierwszy opublikowano w 1988 roku na łamach tygodnika "Kontakty". Potem cytował je Jan Tomasz Gross w swojej głośnej książce "Sąsiedzi".
Ale w śledztwie IPN z lat 2000-2004 podważono wiarygodność zeznań Wasersztejna. - Dzień 10 lipca 1941 r. w biografii Szmula Wasersztejna jest przedstawiony jako trwające od rana pasmo pastwienia się nad Żydami oraz okrutnych morderstw. Dokonała tego ludność miasteczka. Nie było natomiast widać członków miejscowego posterunku policji niemieckiej. Autor biografii podał, że na ulicach widział trupy młodych kobiet z rozpłatanymi brzuchami, zwłoki dzieci pokrojonych na kawałki, nagie kobiety z pośladkami pociętymi brzytwami. Na ulicy cmentarnej leżała kupa trupów. Abstrahując od oczywistego okrucieństwa zbrodni (...), powyższe fakty nie znajdują zupełnie potwierdzenia w materiałach czynności przeprowadzonych w śledztwie - czytamy w postanowieniu IPN.
Podobnych nieścisłości, zarzutów w stosunku do zeznań świadków, rozbieżnych relacji i pytań bez odpowiedzi wokół tragedii narosło więcej.
Pewne jest, że nie wszyscy Żydzi zginęli w płomieniach. Zanim doszło do tragedii część mężczyzn usłyszała rozkaz rozbicia i przeniesienia stojącego nieopodal rynku pomnika Lenina. Zgromadzona ludność za pomocą wideł, pałek i noży zmusiła ich do zaniesienia pomnika pod stodołę, która stała za miastem, nieopodal cmentarza żydowskiego i wykopania w środku dołu.
Mężczyźni zostali zabici, a ich ciała wrzucono do dołu razem z pomnikiem. Po południu do stodoły spędzono pozostałych Żydów - ludzi zamknięto, a stodołę oblano naftą i podpalono.
Śledztwo za śledztwem
Tragedia przez lata była w Polsce tematem tabu. Po wojnie zbrodnię przypisywano Niemcom. Napis na pomniku ustawionym na miejscu stodoły w Jedwabnem brzmiał: Miejsce kaźni ludności żydowskiej. Gestapo i żandarmeria hitlerowska spaliła żywcem 1600 osób 10.VII.1941. W 2001 roku głaz został usunięty i zdeponowany w Muzeum Wojska Polskiego w Białymstoku.
W sprawie pogromu przeprowadzono trzy śledztwa: w latach 1949-1950 w Łomży - skazano wówczas na kary więzienia 10 osób, w 1953 roku w Białymstoku oraz w latach 1967-1974 przez białostocką Komisję Badania Zbrodni Hitlerowskich.
Sprawą zajął się ponownie Instytut Pamięci Narodowej w 2000 roku. Rok później światło dzienne ujrzała głośna książka Grossa. To on jako pierwszy głośno podniósł problem odpowiedzialności Polaków za zbrodnię. Autor określił zbrodnię jako pogrom Żydów dokonany przez ich polskich sąsiadów. Odrzucał tezy oponentów, którzy określali ją mianem niemieckiej prowokacji.
Po śledztwie i ekshumacji IPN w 2003 roku umorzył postępowanie w sprawie zbrodni wobec niewykrycia sprawców czynu. Ustalono liczbę ofiar na najmniej 340, a nie 1600 osób - jak pisał Gross, powołując się na szacunki z okresu PRL.
W postanowieniu IPN uznano też, iż zasadne jest przypisanie Niemcom sprawstwa sensu largo, natomiast sprawcami sensu stricto byli polscy mieszkańcy Jedwabnego i okolic w liczbie co najmniej około 40.
Znaki zapytania
Śledztwo IPN pozostawiło jednak wiele nie wyjaśnionych wątków. Chodzi m.in. o śmierć około 40 osób, które nie zostały spalone żywcem, ale zginęły wcześniej.
30 maja 2001 r. na polecenie ówczesnego ministra sprawiedliwości Lecha Kaczyńskiego rozpoczęto czynności ekshumacyjne, jednak zabroniono podnoszenia kości. Rabin Warszawy i Łodzi Michael Schudrich przekonywali wtedy, że szacunek dla kości ofiar jest ważniejszy niż wiedza “kto zginął i jak, kto zabił i jak”. To jednak znacznie utrudniło śledztwo. Po otwarciu obu odnalezionych grobów oraz wizualnej ocenie szczątków ofiar na początku czerwca 2001 r. czynności ekshumacyjne przerwano „z powodu wyczerpania możliwości badawczych”.
Niedługo później, podczas ceremonii w 60. rocznicę tragedii, 10 lipca 2001 roku, prezydent RP Aleksander Kwaśniewski wypowiedział znamienne słowa:
Z powodu tej zbrodni winniśmy błagać o przebaczenie cienie zmarłych i ich rodziny, każdego skrzywdzonego. Dzisiaj jako człowiek, jako obywatel i jako prezydent Rzeczypospolitej Polskiej, przepraszam. Przepraszam w imieniu swoim i tych Polaków, których sumienie jest poruszone tamtą zbrodnią. W imieniu tych, którzy uważają, że nie można być dumnym z wielkości polskiej historii, nie odczuwając jednocześnie bólu i wstydu z powodu zła, które Polacy wyrządzili innym.
Obecnie na miejscu kaźni i przy mogiłach Żydów znajduje się cmentarz wojenny. W 2001 roku postawiono tam pomnik ku czci ofiar mordu. Zbrodnia w Jedwabnem została objęta ochroną prawną. Oznacza to, że każdy, kto ją kwestionuje, naraża się na odpowiedzialność karną.