Abp Józef Kowalczyk opowiada, że podczas wyłaniania kandydatów na biskupów i arcybiskupów pojawiły się sygnały o współpracy ze służbami PRL abp. Stanisława Wielgusa. Nuncjusz wezwał go i wtedy hierarcha napisał szczegółowe wyjaśnienie, jednak ani słowem nie przyznał się do współpracy z SB.
Nuncjusz twierdzi, że gdy o sprawie zaczęły mówić media, nalegał na Episkopat, aby jak najszybciej zajęła się tym Kościelna Komisja Historyczna. I jeszcze raz przepytał abp. Wielgusa. A ten znowu zapewnił Stolicę Apostolską, że nie współpracował z SB. Jednak kilka dni później Kościelna Komisja Historyczna zbadała dokumenty i orzekła, że kandydat na metropolitę warszawskiego współpracował z tajnymi służbami PRL.
Hierarcha wprawdzie objął oficjalnie archidiecezję warszawską, ale dwa dni później, na kilkadziesiąt minut przed uroczystym ingresem złożył swoją dymisję. Czekał z tym do ostatniej chwili, a zdecydował się na rezygnację dopiero po sygnale z Watykanu. Przed opublikowaniem esbeckich akt na jego temat, konsekwentnie zaprzeczał, że współpracował z SB.
