Proces Kratiuka ruszył przed Sądem Rejonowym dla Warszawy-Śródmieścia. Prokurator odczytał akt oskarżenia. Podsądny zaprzeczył zarzutowi, uznając go za przejaw "dyspozycyjności prokuratury na granicy sprostytuowania". Początkowo sąd umorzył sprawę uznając, że czyn Kratiuka nie ma cech przestępstwa. Prokuratura jednak odwołała się, a wyższa instancja uchyliła umorzenie.
54-letni dziś Kratiuk był w latach 2002-2004 członkiem Rady Nadzorczej PKN Orlen - koncern był jednym z tzw. złotych sponsorów Fundacji "Porozumienie bez barier". W grudniu 2004 r. prokuratura i ABW przeszukały kancelarię prawną KNS, której Kratiuk jest współwłaścicielem. O zabezpieczenie akt wnosiła komisja śledcza, która chciała dowieść, że za pośrednictwem tej spółki mogły być transferowane pieniądze z PKN Orlen do firm związanych z politykami lewicy. Prokuratura umorzyła jednak śledztwo w sprawie "prania brudnych pieniędzy".
W lutym 2005 r. Kratiuk powiedział posłom jako świadek, pytany przez posła Samoobrony Andrzeja Grzesika, że nie był współpracownikiem służb specjalnych PRL. Na podstawie teczek otrzymanych z IPN komisja uznała, że zeznał nieprawdę i zawiadomiła prokuraturę. W grudniu 2005 r. Prokuratura Okręgowa w Warszawie wysłała do sądu akt oskarżenia. Według niej z teczek IPN wynika, że od 1984 r. do marca 1989 r. Kratiuk był "kwalifikowanym osobowym źródłem informacji, zarejestrowanym jako +kontakt operacyjny A.K.+ o numerze 42847".
Kratiuk oskarżenie nazwał "hucpą polityczną". Wyjaśniał, że jego kontakty z MSW były jawne, jako szefa warszawskiej rady Zrzeszenia Studentów Polskich i dlatego nie można ich uznać za tajną i świadomą współpracę w rozumieniu ustawy lustracyjnej. Ujawnił, że w jego teczce "nie ma żadnego raportu, podpisu, wynagrodzeń - niczego"; jest zaś zdanie "utrzymujemy oficjalny kontakt z uwagi na pełnioną funkcję" - dodał. Podkreślał, że w oświadczeniu lustracyjnym napisał, że nie był współpracownikiem SB - czego prawdziwości IPN nie zakwestionował.
W lutym br. SR przychylił się do wniosku obrony o umorzenie procesu. Adwokat Kratiuka mec. Marian Hilarowicz mówił, że w chwili przesłuchania Kratiuka w ustawie o komisjach śledczych nie było jeszcze precyzyjnego zapisu, że mogą one uprzedzać świadków o odpowiedzialności karnej za fałszywe zeznania - co dopisano dopiero potem. Adwokat przypomniał, że Trybunał Konstytucyjny uznał, iż komisje śledcze przesłuchując świadków muszą ściśle przestrzegać zakresu swych prac, a pytania do Kratiuka wykroczyły poza to. Według Kratiuka, oskarżenie to "polityczna usługa" prokuratury na zlecenie ówczesnego ministra sprawiedliwości Zbigniewa Ziobry (przeciw czemu oponował prokurator).
Uzasadniając umorzenie sędzia Mariusz Stelmaszczyk mówił, że pytanie Grzesika o związki Kratiuka z SB było bezprawne, bo nie miało żadnego związku z zakresem prac komisji. "Wszelkie wykraczania komisji poza ten zakres są pozbawione podstawy prawnej, a więc są bezprawne i nie mogą wywoływać negatywnych skutków dla praw i wolności obywateli" - mówił sędzia. "Jeśli komisja zadaje pytanie bezprawne, nie może żądać odpowiedzialności za fałszywe zeznania" - dodał. Sąd nie badał, czy Kratiuk współpracował z SB, bo w tej sytuacji za żadną odpowiedź nie mógł ponosić on odpowiedzialności.
Składając wyjaśnienia, Kratiuk powiedział w poniedziałek, że celem komisji było zdezawuowanie polityków lewicy. Uznał pytanie Grzesika za "próbę swoistej nielegalnej lustracji". "Pan Grzesik pytał mnie o współpracę z nieokreślonymi służbami specjalnymi; odpowiadając, kierowałem się znaną mi ustawą lustracyjną" - dodał. Podkreślił, że stanowiła ona wtedy, iż współpracą nie jest współdziałanie wynikające z prawa PRL.
Kratiuk dodał, że miał obowiązek kontaktów z oficerami MSW, co następowało w siedzibie ZSP i że nie miał świadomości, że założono mu teczkę. Przyznał, że podczas spotkań, w których brali też udział inni działacze ZSP (m.in. Wiesław Kaczmarek), mówił o "problemach środowiska studenckiego". "Wszyscy w ZSP wiedzieli, że pani, która do nas przychodzi na jawne rozmowy, jest z SB" - dodał Kratiuk. Jego wniosek o przesłuchanie tej kobiety prokuratura odrzuciła.
Kratiuk zarzucił prokuratorowi "bezczelne kłamstwo", gdyż napisał on w akcie oskarżenia, że od członków PZPR SB nie pobierała zobowiązania do współpracy. Podsądny wyjaśnił, że instrukcja SB w ogóle zakazywała werbowania członków PZPR, co było wyjątkowo możliwe tylko za zgodą szefa komitetu wojewódzkiego PZPR. "Oskarżony mnie obraża" - zareagował prok. Grzegorz Jaremko. Sąd wezwał Kratiuka, by "powściągnął swe emocje".
Podsądny dodał, że odmówił podpisania protokołu swego przesłuchania w komisji śledczej, bo jego zapisy "odbiegały od jego zeznań" (chciał zmienić swą odpowiedź na pytanie Grzesika). Podkreślił, że protokołu tego nie ma w aktach sprawy, wobec czego on nie wie, co jest formalną podstawą zarzutu. Prokurator zapewnia, że akta są pełne. Proces odroczono do 27 października.
W 2008 r. katowicka prokuratura postawiła Kratiukowi i innym osobom zarzut niegospodarności i "prania brudnych pieniędzy". Zdaniem śledczych, podejrzani mieli w latach 2001-2002 dokonywać kontrolowanych operacji finansowych w prywatnych spółkach. W przypadku Kratiuka ma chodzić o "wypranie" co najmniej 600 tys. zł. Według prokuratury, proceder nie miał związku z Fundacją "Porozumienie bez barier". Podejrzanym grozi do 10 lat więzienia. Kratiuk nie przyznaje się do zarzutu i podkreśla, że sąd oddalił wnioski prokuratury o kaucję, zabezpieczenie majątku i zakaz opuszczania Polski.
