Nowelizację prawa skarżyła Krajowa Rada Sądownictwa. Jej zdaniem projekt ustawy został uchwalony z naruszeniem procedury legislacyjnej. Wszystko dlatego, że był rozpatrzony w pierwszym czytaniu nie na forum Sejmu, a na posiedzeniu komisji sprawiedliwości.
Tego zarzutu nie podzielił Trybunał. Jak argumentował sędzia Stanisław Biernat, chociaż regulamin sejmowy został naruszony, to nie wpłynęło to negatywnie na dalsze prace nad projektem.
Trybunał nie zgodził się również, że przeniesienie ustawą wszystkich spraw administracyjnych w sądach z prezesów na dyrektorów naruszyło równowagę pomiędzy władzą wykonawczą i sądowniczą.
Jako niezgodne z Konstytucją Trybunał uznał niektóre ze szczegółowych przepisów regulujące relacje między ministrem sprawiedliwości a prezesami i dyrektorami sądów.
