Jak napisał SN w uzasadnieniu, do którego dotarła PAP, ocena trafności przyjętego przez sądy obu instancji zakresu pojęcia "zbrodni przeciwko ludzkości" będzie wymagała "pogłębionej i uwzględniającej stanowiska wyrażone w tym przedmiocie w orzecznictwie organów polskich i międzynarodowych oraz publikacjach naukowych, wykładni znamion tejże zbrodni".
Odwołanie IPN
SN zaznaczył jednocześnie, że odwołujący się od decyzji o umorzeniu sprawy IPN w swoim stanowisku w pogłębionej argumentacji wskazywał, dlaczego poglądy wyrażone przez sądy uznaje za niesłuszne. Dlatego - jak dodał SN - jeśli sąd odwoławczy uznał argumenty Instytutu za nietrafne, to powinien "w porównywalnie wnikliwym wywodzie wyjaśnić powody tego stanu rzeczy".
IPN argumentował, że sądy "potraktowały to zdarzenie (prowokację na Chłodnej, czyli podrzucenie w 1983 r. przez SB do mieszkania ks. Jerzego Popiełuszki materiałów obciążających duchownego - PAP) jako zdarzenie jednostkowe, absolutnie wyrwane z kontekstu historycznego". Tymczasem było ono de facto wymierzone w duchowieństwo i całą opozycję antykomunistyczną.
W początkach grudnia zeszłego roku SN, częściowo podzielając kasację Instytutu, uchylił decyzję o umorzeniu z powodu przedawnienia postępowania karnego wobec oskarżonych o tę prowokację. Sprawa ponownie trafiła do Sądu Apelacyjnego w Warszawie.
W grudniu ub.r. SN ogłosił jednak wyłącznie samą decyzję o uchyleniu. Jak informował wtedy przewodniczący posiedzeniu w Izbie Karnej SN sędzia Dariusz Świecki ze względu na zawiłość problematyki postanowiono odroczyć sporządzenie uzasadnienia tej decyzji.
W ostatnich dniach skład orzekający w tej sprawie w SN przygotował takie pisemne uzasadnienie.
W uzasadnieniu SN przypomniał, że "o ile bowiem prześladowanie w istocie nie jest jedną czynnością, to wyczerpujący znamiona zbrodni lub umyślnego występku czyn (...) zakwalifikowany jako zbrodnia przeciwko ludzkości, może być jednorazowym zachowaniem". "Ważne jest natomiast to, by w świetle okoliczności sprawy bezsporne było, że to zachowanie, wyczerpujące znamiona przestępstwa umyślnego, stanowiło przejaw tego rodzaju prześladowania" - dodał SN.
Akt oskarżenia
Akt oskarżenia prokurator IPN sformułował przeciwko trzem byłym funkcjonariuszom SB z Departamentu IV Ministerstwa Spraw Wewnętrznych w sprawie tworzenia w 1983 r. "fałszywych dowodów w celu skierowania przeciwko ks. Jerzemu Popiełuszce ścigania o przestępstwo". Oskarżeni: Grzegorz P., Waldemar O. i Paweł N. to b. funkcjonariusze SB skazani jako sprawcy późniejszego zabójstwa księdza. Dwóch ze sprawców zabójstwa księdza zmieniło później nazwiska z lat 80.
W październiku 2019 r. warszawski sąd okręgowy umorzył jednak sprawę z powodu przedawnienia. Uznał, że choć czyn zarzucony trójce oskarżonych stanowi zbrodnię komunistyczną, to w momencie jego popełnienia nie stanowił zbrodni przeciw ludzkości, która się nie przedawnia, i uległ przedawnieniu z początkiem 1995 r. Decyzję taką - po zażaleniu IPN - utrzymał w styczniu 2020 r. Sąd Apelacyjny w Warszawie.
Kasację na takie rozstrzygnięcia sądów złożyła prokuratura IPN, a SN uchylił postanowienie sądu apelacyjnego 9 grudnia ub.r. "Myślę, że SN uznał, iż postanowienie SA zostało wydane przedwcześnie, bez uwzględnienia wszystkich istotnych okoliczności sprawy i bez należytego odniesienia się do zarzutów podniesionych w zażaleniu prokuratora" - mówił wtedy prok. Robert Kopydłowski z IPN. Zastrzegał, że decyzja ta nie oznacza jeszcze, iż w sprawie ruszy proces, ale kwestia umorzenia i zażalenia IPN na to umorzenie wraca do II instancji.
W ostatnich latach życia ks. Popiełuszko - duszpasterz ludzi pracy, kapelan Solidarności - w parafii św. Stanisława Kostki na warszawskim Żoliborzu celebrował comiesięczne msze święte za ojczyznę, gromadzące wokół świątyni wielotysięczne tłumy. Nawoływał w nich, aby "zło dobrem zwyciężać" oraz podkreślał, że "w pojednaniu musi być jeden wspólny cel: dobro ojczyzny i poszanowanie godności ludzkiej".
Zabójstwo ks. Popiełuszki
Ksiądz Popiełuszko był obserwowany przez Służbę Bezpieczeństwa już na dwa lata przed śmiercią. Założono mu podsłuch, próbowano też doprowadzić do wypadku samochodowego. W mieszkaniu przy ul. Chłodnej funkcjonariusze SB dokonali zaś prowokacji, podrzucając kilkanaście tysięcy ulotek, farbę drukarską, granaty z gazem łzawiącym, naboje i materiał wybuchowy. Następnie funkcjonariusze SB doprowadzili do ich ujawnienia w wyniku przeszukania mieszkania 12 grudnia 1983 r., co spowodowało wdrożenie przeciwko kapelanowi Solidarności postępowania karnego. Miały to być dowody do przygotowywanego procesu sądowego. Księdza starano się za wszelką cenę skompromitować.
W ocenie pionu śledczego IPN te czyny oskarżonych funkcjonariuszy SB kwalifikowały się jako zbrodnia przeciwko ludzkości, ponieważ zdarzenie to było jednym z całego ciągu działań wobec księdza "wpisujących się w ówczesną politykę skierowaną przeciwko społeczeństwu", co finalnie doprowadziło do zabójstwa kapłana.
Niespełna rok później kapelan Solidarności został zamordowany przez funkcjonariuszy SB. Do morderstwa doszło w nocy z 19 na 20 października 1984 r.
30 października 1984 r. z zalewu przy tamie na Wiśle we Włocławku wyłowiono zwłoki księdza. Pogrzeb odbył się 3 listopada 1984 r. W procesie jego zabójców (tzw. procesie toruńskim) w lutym 1985 r. zapadły wobec czterech funkcjonariuszy wyroki od 14 do 25 lat więzienia. Później po amnestiach kary łagodzono, ostatni ze skazanych wyszedł na wolność w 2001 r. Wszyscy byli funkcjonariuszami Departamentu IV MSW, którego celem w latach PRL było zwalczanie Kościoła katolickiego. IPN wskazuje, że podczas procesu toruńskiego nie był poruszany wątek prowokacji na Chłodnej.