Znane są tysiące odmian ryżu, wszystkie one pochodzą jednak od dwóch podgatunków. Zdaniem naukowców, którzy ogłosili wyniki swoich badań w najnowszym numerze tygodnika "PNAS", ryż udomowiono w Chinach ponad 8200 lat temu.
Konkurencyjna teoria głosi, że dwa główne podgatunki ryżu, Oryza sativa japonica i Oryza sativa indica, zostały udomowione niezależnie w dwóch częściach Azji.
Najnowsze badania genetyczne dowodzą jednak, że odmiana indyjska i japońska mają wspólne pochodzenie, ponieważ bliższe są sobie nawzajem niż jakiejkolwiek dzikiej odmianie ryżu z Chin czy Indii. Według naukowców, oba podgatunki rozdzieliły się około 3900 lat temu.
Jest to zgodne z danymi archeologicznymi, z których wynika, że udomowienie ryżu miało miejsce w dolinie Jangcy ok. 8000-9000 lat temu, a uprawy w regionie Gangesu pojawiły się ok. 4000 lat temu.
Oba podgatunki mogą wywodzić się z dzikiego ryżu Oriza rufipogon.
