Zdaniem księdza, uciekając spod obowiązku lustracji, władze kościelne dają do zrozumienia niektórym środowiskom, że te szkoły nie chcą ujawniać prawdy. Zwłaszcza że uczelnie, takie jak Papieska Akademia Teologiczna, pobierają dotacje państwowe, a poza osobami duchownymi studiują na nich także osoby świeckie. Zatem te uczelnie nie mogą być traktowane inaczej.

Ks. Isakowicz-Zaleski dodał, że wyłączanie z obowiązku lustracji uczelni katolickich jest niekonsekwentne, ponieważ na uniwersytetach istnieją wydziały teologiczne, gdzie obowiązek lustracji jednak istnieje. "Nie może być tak, że ten sam wykładowca, pracujący w uczelni katolickiej w Krakowie na pół etatu, nie podlega lustracji, a wykładający na drugie pół etatu na wydziale teologicznym uniwersytetu podlega lustracji" - ocenił podczas wykładu na Uniwersytecie Warmińsko-Mazurskim ks. Isakowicz-Zaleski.

Bp Tadeusz Pieronek poinformował wczoraj, że z obowiązku lustracji wyłączone zostały instytucje czysto kościelne, m.in. uczelnie takie jak: Papieska Akademia Teologiczna w Krakowie, Papieska Akademia Teologiczna we Wrocławiu, Papieski Wydział Teologiczny w Warszawie, Ignacjanum w Krakowie oraz wszystkie seminaria duchowne (diecezjalne i zakonne).

Z postulatami takimi strona kościelna wystąpiła pod koniec marca tego roku. Powołano się na zapisy w konkordacie i konstytucji, gdzie Kościół cieszy się autonomią i niezależnością w wewnętrznych sprawach.