Zamiar kandydowania w wyborach prezydenckich Czaputova zgłosiła w maju 2018 roku. Poparła ją liberalna partia Postępowa Słowacja (PS), którą Czaputova współtworzyła i której była wiceprzewodniczącą.
W 1996 roku Czaputova ukończyła studia prawnicze na Uniwersytecie Komeńskiego w Bratysławie i zaczęła współpracować z organizacjami pozarządowymi, pracowała też w urzędzie miejskim w rodzinnym Pezinoku na przedmieściach Bratysławy.
Szerzej znana stała się po zakończonej sukcesem 14-letniej walce przeciwko wysypisku śmieci w Pezinoku. Czaputova pokonała całą drogę prawną od sądu pierwszej instancji, przez Sąd Najwyższy, po europejski wymiar sprawiedliwości. Została uhonorowana nagrodą Goldmana, która jest nazywana Noblem obrońców środowiska.
- Za sensowną uważam pracę, która służy czemuś ważnemu. Tematyka ochrony środowiska jest bliska podstawowym problemom, takim jak zdrowie i życie. Dlatego też jako prawniczka zaczęłam zajmować się tą tematyką – powiedziała lokalnej gazecie.
Współpracowała także ze stowarzyszeniem Via Iuris, które wspiera obywateli w obronie ich praw i we współdecydowaniu o sprawach publicznych. Współpracę ze stowarzyszeniem przerwała, wkraczając do polityki.
Czaputova w 2017 roku przystąpiła do powstającej Postępowej Słowacji i została jej wiceprzewodniczącą. Z tej funkcji zrezygnowała po przejściu do drugiej tury wyborów prezydenckich.
Na początku kampanii wyborczej sondaże dawały jej ok. 10 proc. poparcia. Sytuacja zmieniła się, gdy uchodzący za jednego z faworytów wyborów, naukowiec Robert Mistrik niespodziewanie zrezygnował z udziału i poparł kandydaturę Czaputovej, której notowania zaczęły lawinowo rosnąć; w niektórych badaniach mogła liczyć nawet na 50 proc. poparcia.
W kampanii wyborczej zwracano uwagę na jej liberalne poglądy, m.in. na gotowość przyzwolenia na rejestrowane partnerstwo osób tej samej płci i na adopcję dzieci przez takie pary. Na krytykę w tej kwestii Czaputova odpowiadała twierdzeniem, że są to jej osobiste przekonania, a nie program wyborczy.
W debatach kandydatów oraz podczas spotkań z wyborcami Czaputova często odwoływała się do konieczności zmian na Słowacji, co było związane z dokonanym w ubiegłym roku i pozostającym wciąż przedmiotem śledztwa zabójstwem słowackiego dziennikarza śledczego Jana Kuciaka oraz jego narzeczonej. Zbrodnia ta wywołała największe na Słowacji od czasu upadku komunizmu w 1989 r. uliczne protesty, których uczestnicy zarzucali władzom związki z demaskowanymi przez Kuciaka aferami i współodpowiedzialność za jego śmierć.
Czaputova rozwiodła się przed rokiem, ma dwie córki. Jej partnerem życiowym jest 52-letni muzyk, poeta, autor tekstów i fotograf Peter Konieczny.