Największe emocje w tej kampanii wzbudziła sprawa komitetu wyborczego Nowej Prawicy Janusza Korwin-Mikkego. Jego działacze zarzucili PKW, że bezprawnie odmówiła rejestracji ich list wyborczych w całym kraju, choć zarejestrowali listy w ponad połowie okręgów wyborczych.
Zgodnie z Kodeksem wyborczym komitet, który do 30 sierpnia zarejestrował listy w co najmniej połowie okręgów wyborczych (21), uprawniony był do rejestracji list w reszcie kraju bez zbierania wymaganych podpisów. Jednak w tym terminie listy Komitetu Nowej Prawicy zostały zarejestrowane tylko w 19 okręgach. W kolejnych dwóch okręgach nastąpiło to 1 i 5 września.
Działacze Nowej Prawicy tłumaczyli, że wszystkie dokumenty złożyli w okręgowych komisjach w terminie i zarzucali organom wyborczym przetrzymywanie ich list oraz złą wolę w interpretacji przepisów Kodeksu. Wskazywali ponadto, że podpisów nie zdążono policzyć z powodu wewnętrznych procedur.
PKW w tej sprawie nie ma sobie nic do zarzucenia. Twierdzi, że nie można interpretować przepisów wbrew ich wyraźnemu brzmieniu, a swoje działania uznała za absolutnie zgodne z prawem.
Sprawą Nowej Prawicy zajął się Wojewódzki Sąd Administracyjny, obecnie trwa procedura rozpoznania skargi, oraz Sąd Najwyższy, który oddalił protest twierdząc, że Kodeks wyborczy nie przewiduje procedury odwołania się od decyzji PKW, a jedynie umożliwia zaskarżenie wyniku wyborów do SN, ale dopiero po wyborach.
Zamykanie drogi sądowej od decyzji PKW ws. rejestracji list wzbudziło krytykę wielu konstytucjonalistów. "Przepisy są chyba nie za bardzo precyzyjne, można wątpić, czy są zgodne z Konstytucją, bo ona przewiduje możliwość odwołania się do sądu w każdej sprawie" - uważa prof. Piotr Winczorek. Z kolei według dr Ryszarda Balickiego, przypadek Nowej Prawicy pokazuje, że powinno się znowelizować Kodeks wyborczy. "Sam Kodeks wyborczy jest obarczony pewnym błędem. Zabrakło logiki w przepisach" - ocenił.
Problemów z podpisami poparcia pod listami kandydatów do Sejmu i kandydatami do Senatu w tej kampanii było dość sporo. List kandydatów do Sejmu w całym kraju nie zdołała zarejestrować również partia Marka Jurka - Prawica Rzeczypospolitej, co praktycznie wstrzymało całą kampanię tego ugrupowania do Sejmu.
Ruch Obywatele do Senatu musiał pogodzić się z decyzją PKW, że w wyborach nie wystartują Anna Kalata i Matek Król. Kalata wskazywała, że okręgowa komisja bezpodstawnie zakwestionowała niektóre podpisy (w sumie ok. 500) oraz błędnie je zliczyła, nie dając przy tym możliwości w pełni zapoznania się ze wszystkimi wadami. W jej ocenie "takie postępowanie całkowicie wypacza zasady demokratycznego państwa prawa i godzi w podstawowe zasady konstytucyjne". W podobnej sytuacji jak Kalata był Król. Jemu komisja nie uznała ponad 600 podpisów.
Nie mniejsze problemy z prawem wyborczym w tej kampanii miał komitet wyborczy Obywatelskich List Wyborczych Nowego Ekranu, który nawet apelował do prezydenta Bronisława Komorowskiego o zmianę terminu wyborów. Komitet złożył też do Prokuratora Generalnego Andrzeja Seremeta zawiadomienie o popełnieniu przestępstwa przez PKW, zarzucając, że Komisja złamała konstytucyjną "zasadę równości wyborów, podważając zaufanie do państwa prawa, na szkodę wyborców i w sposób mający wpływ na głosowanie".
Na początku września Sąd Najwyższy uznał za zasadną skargę Nowego Ekranu na odmowę rejestracji komitetu przez PKW. 23 sierpnia PKW odmówiła im rejestracji z powodu braku - w jej opinii - wymaganej liczby podpisów. Komitet złożył skargę do Sądu Najwyższego na decyzję PKW, a ten uznał ją za zasadną.
PKW uznała postanowienie SN i zarejestrowała komitet, dając mu czas już poza kalendarzem wyborczym na rejestracje list kandydatów. Według działaczy Nowego Ekranu, PKW wykroczyła w ten sposób poza swoje kompetencje, a Kodeks wyborczy został tak uchwalony, by obecny układ polityczny utrzymał się u władzy jak najdłużej. Nowy Ekran zamierza także wnosić do SN o unieważnienie wyborów.