Krzysztof Ptaszyński, naczelnik Pomorskiego Urzędu Skarbowego, który prowadzi kontrolę w spółce Amber Gold, został wicedyrektorem Izby Skarbowej w Gdańsku. Minister finansów powołał go na to stanowisko z dniem 15 czerwca 2013 r. Twierdzi, że stało się to na wniosek dyrektora Izby Skarbowej w Gdańsku z 19 lutego 2013 r. Bo kierowany przez Ptaszyńskiego urząd skarbowy był jedynym, w którym kontrola resortowa nie stwierdziła nieprawidłowości.
W pozostałych organach, które były właściwymi dla spółki Amber Gold, tzn. w I i III US w Gdańsku - kontrole ujawniły nieprawidłowości i zaniedbania, m.in. rejestrację podmiotów na podstawie niekompletnych danych i niewszczynanie lub opieszałe prowadzenie postępowań wyjaśniających przy braku deklaracji podatkowych. Szczegółowe błędy urzędników fiskusa ujawnia zamieszczony na stronie MF raport Analiza działań organów i instytucji państwowych w odniesieniu do Amber Gold sp. z o.o.. Lista tych zaniedbań jest długa.
Zaczęło się od tego, że III US w Gdańsku, w którym rozliczała się Grupa Inwestycyjna Ex sp. z o.o. - przemianowana potem na Amber Gold sp. z o.o. - wysłał wezwanie do złożenia deklaracji VAT-7 za marzec 2009 r. dopiero 27 maja 2009 r. Kolejnych już nie wysyłał, choć tamto nie zostało odebrane przez adresata, a spółka nie złożyła deklaracji. Amber Gold nie złożyła też deklaracji podatku CIT na koniec marca 2010 r. A ponieważ urząd nie odnotował w systemie komputerowym, że spółka miała przychód, od którego powinna zapłacić podatek dochodowy, toteż nie wysłał wezwania do złożenia deklaracji CIT.
2 kwietnia 2010 r. firma Amber Gold zmieniła siedzibę i informacja o tym z Sądu Rejonowego w Gdańsku trafiła do I US, w którym odtąd powinna się rozliczać. 23 kwietnia 2010 r. wysłane zostało do spółki wezwanie o uzupełnienie dokumentów, ale nie zrobiła tego i tak nadal pozostała podatnikiem w III US. Ten dopiero w listopadzie 2010 r. skierował kolejne wezwanie deklaracji VAT-7 za okres od marca 2009 r. W efekcie spółka złożyła część deklaracji i wpłaciła zaległość z tytułu VAT - tylko za dwa miesiące. Wezwanie do złożenia pozostałych deklaracji VAT III US wystosował dopiero 9 sierpnia 2012 r., czyli już po wybuchu afery. Urząd nie wezwał jednak spółki do złożenia zeznania rocznego i sprawozdania finansowego za rok 2009.
O brakujące dokumenty wystąpił dopiero I US po otrzymaniu (11 lutego i 24 marca 2011 r.) dokumentów aktualizacyjnych spółki z Sądu Rejonowego. W marcu 2011 r. urząd otrzymał wniosek z Prokuratury Gdańsk-Wrzeszcz o przekazanie informacji o wysokości osiąganych dochodów i deklaracji spółki, a w kwietniu odpowiedział prokuraturze, że spółka nie złożyła deklaracji CIT za 2010 r. Mimo to wezwanie do złożenia deklaracji rocznej CIT za 2010 r. urzędnicy wysłali dopiero 24 października 2011 r. Informacji o tym, że spółka uchyla się od tego obowiązku, nie przekazali do komórki karnej skarbowej urzędu.
Intensywniejsze działania I US podjął w II połowie 2011 r., po otrzymaniu (31 maja 2011 r.) wniosku o podjęcie czynności sprawdzających dotyczących transakcji pomiędzy Amber Gold a innym podmiotem, który wystąpił o zwrot VAT. Czynności te przeprowadzono w listopadzie 2011 r., gdy pełnomocnik Amber Gold przedstawił dokumenty. W efekcie w grudniu 2011 r. I US wystosował wewnętrzny wniosek o skontrolowanie spółki, stało się to między 6 a 8 lutego 2012 r. Ustalenie wysokości przychodów spółki spowodowało przekazanie akt sprawy do wyspecjalizowanego w obsłudze dużych podatników Pomorskiego US w Gdańsku. Ten 17 lutego 2012 r. wszczął kontrolę podatkową. W lutym i marcu spółka wpłaciła 12,24 mln zł. Po kolejnych wezwaniach dostarczyła też nowe dokumenty, np. rachunek zysków i strat oraz niezatwierdzony bilans.
Ministerstwo twierdzi, że wobec pracowników odpowiedzialnych za opieszałość i nieprawidłowości zostały wszczęte postępowania dyscyplinarne. Jednocześnie do Prokuratury Okręgowej w Gdańsku skierowane zostało zawiadomienie o podejrzeniu popełnienia przestępstwa z art. 231 kodeksu karnego przez pracowników urzędów skarbowych.