Witkowski, który zasłynął w 2006 r., gdy ujawnił, że ks. Michał Czajkowski był agentem SB, w 2007 r. został zatrudniony przez Antoniego Macierewicza w SKW. Zaproponował projekt, który został wysoko oceniony przez szefostwo służby. Przewidywał on stworzenie biograficznego słownika służb specjalnych PRL - bazy danych, którą można by wykorzystać do celów analitycznych oraz szkoleniowych. Odtajniona część materiałów miała się znaleźć w wydawnictwie opracowanym we współpracy z Biurem Edukacji Publicznej Instytutu Pamięci Narodowej.
W listopadzie 2007 zmieniło się kierownictwo SKW. Szefem został Grzegorz Reszka, który wkrótce po objęciu funkcji wezwał do siebie Witkowskiego. Oświadczył, że projekt dowodzi "nieznajomości spraw operacyjnych", w związku z czym SKW rozwiązuje z Witkowskim umowę o pracę.
"Pismo, które odebrałem 24 stycznia 2008 r., zawierało taki akapit: <Przyczyną wypowiedzenia umowy o pracę jest niewłaściwa realizacja zadań wynikających z zatwierdzonego i podpisanego przez pana zakresu obowiązków. Równocześnie wykonywał pan zadania wykraczające poza ustalony zakres obowiązków, nie związane bezpośrednio z realizacją przez SKW ustawowych zadań. Składane przez pana propozycje dalszych swoich działań świadczą o tym, iż niewłaściwie interpretuje pan ustawowe zadania SKW>. Niewtajemniczonym wyjaśniam, iż w <zakres moich obowiązków> nie wchodziła praca w Komisji Weryfikacyjnej WSI, tę wszakże wykonywałem bezpłatnie poza normowanym czasem, spędzając przy biurku średnio 14 godzin na dobę" - pisze we "Wprost" Tadeusz Witkowski.
Stworzenie proponowanej przez Witkowskiego bazy danych pozwoliłoby uniknąć wielu skomplikowanych i czasochłonnych procedur związanych z lustracją i znacznie ułatwiłoby podejmowanie decyzji przy nominacjach na stanowiska rządowe. Pozwoliłoby na przykład szybko ustalić, kto z dzisiejszych pracowników MON utrzymywał w przeszłości nieoficjalne kontakty z przedstawicielami ministerstwa obrony Federacji Rosyjskiej.
"Studiując dokumenty przejęte po służbach cywilnych i wojskowych, zrozumiałem, że jednym ze źródeł zagrożenia bezpieczeństwa narodowego jest dzisiaj utrzymywanie w ścisłej tajemnicy danych, które powinny być odtajnione wiele lat temu. Z lektury tych materiałów wyciągnąłem dwa wnioski. Po pierwsze, niektóre nominacje na stanowiska związane z resortem obrony nie odpowiadają kryteriom bezpieczeństwa stosowanym przez sojuszników Polski. Po drugie, to, co w dziedzinie służb specjalnych jest obwarowywane murem tajemnicy, pozostaje często całkowicie przezroczyste dla służb rosyjskich" - komentuje Tadeusz Witkowski.
