Małkowski był prezydentem Olsztyna od 10 października 2001 roku. Na początku tego roku urzędniczki UM złożyły do prokuratury doniesienie o molestowaniu seksualnym, jakiego prezydent ich względem się dopuścił. Małkowski został zawieszony w pełnieniu obowiązków prezydenta miasta.

17 listopada przeprowadzono w Olsztynie referendum w sprawie przedterminowego odwołania Małkowskiego ze stanowiska. Okazało się, że mieszkańcy nie chcą, by nadal pełnił on swą funkcję. Za jego odwołaniem głosowały 24843 osoby, przeciwko było 18348 mieszkańców.

Wraz z Małkowskim zostało odwołanych troje jego zastępców: Tomasz Głażewski, Tomasz Szczyglewski i Anna Wasilewska. Małkowski już zabrał swoje rzeczy osobiste z gabinetu. Do czasu nowych wyborów Olsztynem będzie rządził powołany przez premiera komisarz. Nieoficjalnie mówi się o trójce kandydatów - byłych zastępcach: Wasilewskiej i Głażewskim oraz o Piotrze Grzymowiczu, byłym zastępcy prezydenta, który został zwolniony z ratusza po konflikcie z Małkowskim.

"Dziś jeszcze nie znamy nazwiska osoby, która będzie pełniła funkcję prezydenta do czasu wyborów. Poznamy je dopiero jutro" - powiedziała DZIENNIKOWI rzeczniczka wojewody warmińsko - mazurskiego Edyta Wrotek.