WSI powstały w październiku 1991 roku. Mimo nowej nazwy ich kadra składała się z wybranych i zaufanych ludzi, którzy przeszli specjalne szkolenia jeszcze w ZSRR. Szkolenia na Wschodzie przeszli m.in. szefowie WSI: kontradmirał Kazimierz Głowacki i gen. Marek Dukaczewski. Do 2006 roku w strukturach WSI służyło kilkudziesięciu absolwentów sowieckich szkoleń.
Autorzy raportu zarzucają WSI, że nie zrobiły wiele, żeby powstrzymać działanie rosyjskich służb specjalnych w Polsce. Rosjanie werbowali agentów wśród polskich żołnierzy, ale także zakładali firmy, które miały być przykrywką dla szpiegów. Po 1990 roku w Polsce powstało kilka tysięcy spółek z udziałem kapitału rosyjskiego. Na terenie samego Poznania w latach 1990-1998 powstało 35 takich spółek, z których kilka utworzyli oficerowie Armii Radzieckiej.
Większość tych spółek powstała w tych miastach zachodniej Polski, w których kiedyś były sowieckie garnizony. W Warszawie w dalszym ciągu trzy niezwykle atrakcyjne działki w centrum miasta zarządzane są przez rosyjskie firmy. Jedną z tych firm jest Avtoexport, której przedstawicielem w Polsce jest firma Abexim, do jesieni 2006 roku serwisująca samochody należące do WSI.
Komisja Macierewicza zarzuca też WSI, że tolerowała w Polsce szpiegostwo. Służby wiedziały o działalności szpiegów, ale nie wykorzystywały zgromadzonych informacji. Kompromitacją WSI - wynika z raportu - była prowadzona od 1996 roku sprawa "Z". Zaczęła się po sygnałach, że w Polsce działa rezydent obcego wywiadu. Służby miały ustalić, dlaczego dowództwo jednej z jednostek wojskowych spotyka się z A.B., urodzonym w Polsce obywatelem RFN.
Mężczyzna był najprawdopodobniej byłym współpracownikiem STASI. Po 1989 roku miał trzy firmy - dwie w Berlinie a trzecią w Polsce. Zajmował się spedycją i prowadził interesy w Polsce oraz w krajach byłego ZSRR. Większość pracowników jednej z jego berlińskich firm to byli żołnierze armii NRD i byli agenci STASI oraz absolwenci radzieckich uczelni wojskowych i cywilnych (w tym uczestnicy kursów KGB i GRU).
A.B. spotykał się z polskimi oficerami pod pretekstem interesów. Mężczyzna uzależnił od siebie żołnierzy, bo hojnie udzielał im pożyczek za pokwitowaniem, fundował pobyty w agencji towarzyskiej i zapraszał do swojej willi na imprezy z alkoholem i prostytutkami.
A.B. miał kontakty z oficerami Wojska Polskiego, Żandarmerii Wojskowej, Policji, Straży Granicznej i GROM-u. Agent był dużym zagrożeniem dla bezpieczeństwa Polski. Okazało się, że ma powiązania z mężczyzną o nazwisku Ałaganow. Mówił, że utrzymywał kontakty z Ministrem Sprawiedliwości Grzegorzem Kurczukiem. Twierdził, że odwiedzał Kancelarię Prezydenta Aleksandra Kwaśniewskiego, a także powoływał się na swoje znajomości w MSZ w Warszawie.
Mimo to nigdy nie zwrócono się do tych instytucji, by ustalić, kiedy i z kim spotykał się A.B. Z akt nie wynika też, żeby Kontrwywiad WSI przestrzegał przedstawicieli władz przed niebezpieczeństwami. WSI nigdy nie ustaliło, dla kogo pracował, do kogo trafiały zbierane przez niego informacje, jak wiele osób udało mu się zwerbować. Z raportu wynika, że odpowiedzialny za to jest przede wszystkim szef WSI generał Marek Dukaczewski.
Według autorów raportu, WSI nie mogły dobrze działać. Przez cały okres istnienia nie zatrzymały ani jednego szpiega rosyjskiego. Wszystkie sukcesy były wynikiem działania służb cywilnych. Sami przedstawiciele WSI nie wierzyli instytucji, w której pracowali. W jednym z dokumentów stwierdzono: "z całą odpowiedzialnością stwierdzam, że służby te nie są wiarygodne, a to głównie za sprawą kadry uwikłanej w niewyjaśnione kontakty ze Wschodem".
