O przyjęciu rezygnacji biskupa Magee poinformowało watykańskie biuro prasowe. Wyjaśniło, że została ona przyjęta na podstawie kanonu 401 paragraf 2, który stwierdza, że "prosi się o ustąpienie biskupa diecezjalnego, który z jakiejkolwiek ważnej przyczyny nie może w sposób właściwy wypełniać swojego urzędu".
73-letni biskup Magee jako jedyny w historii Watykanu był osobistym sekretarzem aż trzech papieży. Funkcję tę przy Janie Pawle II pełnił do 1982 roku, kiedy został mianowany papieskim ceremoniarzem. Z Watykanu odszedł w 1987 roku, by objąć diecezję Cloyne.
Kiedy po kilku dekadach milczenia w Irlandii wybuchł skandal pedofilii wśród księży, a także prób ich tuszowania oraz braku odpowiedniej reakcji ze strony kościelnych hierarchów, biskup Magee znalazł się w jego centrum z powodu nadużyć w kierowanej przez niego diecezji.
Postawę biskupa Cloyne skrytykował irlandzki krajowy komitet obrony dzieci zarzucając mu, że nie zastosował żadnych kar kościelnych wobec księży-pedofilów, których czyny zostały potwierdzone. Swoją dymisję bp Magee złożył w marcu 2009 roku i od tamtej pory nie pełnił już posługi.
Dotychczas w rezultacie skandalu dymisję złożyło czterech irlandzkich biskupów. Magee jest drugim po biskupie Donaldzie Brandanie Murrayu, którego rezygnację papież przyjął.
Decyzja ta została ogłoszona cztery dni po publikacji listu Benedykta XVI do wiernych w Irlandii na temat pedofilii w tamtejszym Kościele. Papież w ostrych słowach potępił w nim księży-pedofilów i skrytykował bierność biskupów w obliczu skandalu.
