W krypcie biskupów stoją już sarkofagi z trumnami poprzedników zmarłego metropolity - biskupów lubelskich: Mariana Fulmana pochowanego w 1945 r. oraz Piotra Kałwy zmarłego w 1974 r.
Krypty lubelskiej katedry od wieków służyły jako miejsce pochówku osób duchownych i świeckich. 10 lat temu podczas prac konserwatorskich świątyni krypty otworzyli i zbadali archeolodzy. Pod południową nawą boczną natrafili na szczątki pochowanych 100 osób dorosłych i dzieci z okresu końca wieku XVI do początku XVIII stulecia. Część została przeniesiona z krypt północnych w 1752 r. podczas odbudowy świątyni po pożarze.
Badając szczątki archeolodzy zgromadzili unikatową kolekcję tkanin i strojów z XVII i XVIII w. Ich bogate zdobienia świadczą o tym, że w podziemiach lubelskiego kościoła pochowana została elita ówczesnego społeczeństwa - duchowni i świeccy. Stroje te można oglądać w odrestaurowanych kryptach udostępnionych zwiedzającym w archikatedrze.
Dzisiejszy kościół archikatedralny w Lublinie został ufundowany przez jezuitów, którzy przybyli tu w 1582 r. Obok kościoła pod wezwaniem św. Jana jezuici postawili też kolegium i szkołę na terenie przylegającym do południowej części murów miejskich. Świątynię zaprojektowali włoscy architekci na wzór rzymskiego kościoła "Il Gesu". Konsekrowano ją w 1604 r. Wielki pożar w 1752 r. zniszczył kościół i kolegium. Odbudowane budynki służyły zakonowi do czasu jego kasacji w 1773 r.
W kolejnych latach nieruchomości przechodziły z rąk do rąk, aż do 1839 r., kiedy kościół św. Jana ustanowiono siedzibą biskupstwa lubelskiego, powołanego w 1805 r. 25 marca 1992 roku Lublin stał się stolicą metropolitalną.
W 1998 r. pod patronatem abp. Życińskiego rozpoczęto trwające kilka lat prace konserwatorskie świątyni. Odrestaurowano jej dekoracje, podziemia i kaplice. Gruntownie odnowiono też jej fasadę.
