Nieuwzględnione przez partię rządzącą uwagi parlamentarnych prawników pokrywają się z zarzutami m.in. Komisji Europejskiej, która podniosła je w ramach prowadzonej wobec polskiego rządu procedury ochrony praworządności.

Z analizy reporterki Radia ZET Joanny Komolki wynika, że pracownicy Biur Legislacyjnych zwracali uwagę m.in. na:

- niekonstytucyjność przechodzenia w stan spoczynku sędziów po 65. roku życia

- niekonstytucyjność zapisów o de facto braku możliwości odwołania się sędziego od negatywnej opinii KRS co do dalszego jego orzekania po ukończeniu 65. roku życia

- niekonstytucyjność zapisu dotyczącego decyzji władzy wykonawczej dotyczącej przyszłej pracy sędziego

- niekonstytucyjność skrócenia kadencji Pierwszego Prezesa Sądu Najwyższego

- zbyt duże uprawnienia Prezesa Izby Dyscyplinarnej SN, w tym decydowania w kwestiach budżetowych całego Sądu

- niezgodność z Konstytucją procedury wyboru członków - sędziów KRS przez parlament, to także naruszenie niezawisłości sędziów.

Wśród innych uwag, nieuwzględnionych przez posłów, znalazły się jeszcze wątpliwości dotyczące wygaszenia trwającej kadencji poprzednich członków- sędziów KRS, zbyt duży wpływ ministra sprawiedliwości na postępowania dyscyplinarne sędziów czy niekonstytucyjność przepisu o powoływaniu prezesów sądów przez ministra sprawiedliwości.

Legislatorzy obu izb parlamentu zwracali uwagę także na tempo prac, bo często nie byli w stanie, o czym mówili na posiedzeniach komisji, dostatecznie przeanalizować projektów ustaw. Otrzymywali je na ostatnią chwilę, tuż przed posiedzeniem komisji. Zgłaszali uwagi, że proponowane przez partię rządzącą zmiany zawierają bardzo dużo błędów, często wychodzą poza zakres, który powinien zostać - zgodnie z założeniem - unormowany w zmienianej ustawie. Zastrzegali, że proponowane projekty nowelizacji były przygotowane niezgodnie z techniką legislacyjną,a podczas ich uchwalania złamano tzw. zasadę trzech czytań, czyli zapisany w art. 119 Konstytucji obowiązek przebiegu procesu legislacyjnego. Mieli też zastrzeżenia co do jakości stanowienia prawa.

Analizowane postanowienia ustawy mogą zostać ocenione jako naruszające standardy Konstytucji RP - zasady demokratycznego państwa prawnego, z której tradycyjnie już wywodzony jest m.in. zakaz tworzenia rozwiązań pozornych - zwracali uwagę.

Opinie, którymi dysponowało Biura Analiz Sejmowych, sporządzone przez zewnętrznych prawników brane były pod uwagę w zasadzie jedynie wtedy, gdy popierały założenia projektu ustawy. BAS nie zgłosiło żadnego zastrzeżenia dotyczącego niezgodności projektu z prawem europejskim czy międzynarodowym.

Poprawki opozycji, uwagi zgłaszane np. przez RPO, SN czy HFPC nie były w ogóle brane pod uwagę, czasem nawet nie wysłuchiwane podczas posiedzeń komisji.