W 2005 roku lekarz został zatrzymany w wyniku policyjnej prowokacji i trafił na prawie dwa miesiące do aresztu. Po dwóch procesach został prawomocnie uniewinniony od zarzutu przyjęcia 5 tys. zł łapówki. Potwierdził to Sąd Najwyższy. Okazało się, że za całą akcją stał podwładny lekarza, a dowody przeciwko Hirnlemu były zbierane niezgodnie z prawem. W tej sprawie trwa proces karny.

W pierwszym procesie prawomocnie zasądzono lekarzowi 90 tys. zł za niesłuszny areszt (70 zł zadośćuczynienia i 20 tys. zł odszkodowania), ale co do wyższej kwoty odszkodowania, której domagał się Tomasz Hirnle, Sąd Apelacyjny w Białymstoku uznał, że tą kwestią sąd okręgowy musi zająć się jeszcze raz.

W Sądzie Najwyższym jest skarga kasacyjna złożona przez prokuraturę, wobec prawomocnej części tego orzeczenia. Prokurator chciał też w tej sytuacji zawieszenia procesu, na co sąd jednak nie zgodził się.

Jak tłumaczył w poniedziałek przed sądem pełnomocnik Tomasza Hirnlego, 312 tys. zł odszkodowania, którego się domaga, to różnica między kwotą zasądzoną a tym, ile mógłby zarobić na kontrakcie ze szpitalem klinicznym w Białymstoku. Po wyjściu z aresztu szpital zerwał z nim bowiem kontrakt i zaproponował zatrudnienie etatowe, z dużo niższym uposażeniem.