1 września 1939 r. Niemcy najechały na Polskę i wbrew prawu międzynarodowemu przyłączyły Wolne Miasto Gdańsk. W granicach Wolnego Miasta Gdańska we wsi Stutthof niemieccy okupanci utworzyli obóz. 2 września przybył tam pierwszy transport więźniów z około 150 Polakami aresztowanymi dzień wcześniej w Gdańsku.
Początkowo Niemcy wykorzystywali obóz do prowadzenia polityki eksterminacyjnej wobec "niepożądanych elementów polskich” – głównie inteligencji z Gdańska i Pomorza. Od 1942 r. w Stutthofie więziono także Polaków z innych regionów oraz osoby z różnych krajów Europy. Od połowy 1944 r. obóz służył również niemieckim okupantom w tzw. ostatecznym rozwiązaniu kwestii żydowskiej - systematycznym mordowaniu europejskich Żydów
Do Stutthofu trafiło ponad 110 tys. ludzi
Od 1939 do 1945 roku w Stutthofie więziono około 110 000 mężczyzn, kobiet i dzieci z 28 krajów. Większość z nich pochodziła z Polski, Związku Radzieckiego i Rzeszy Niemieckiej. Wśród więźniów było około 50 000 osób narodowości żydowskiej. Niemcy zamordowali blisko 65 000 więźniów tego obozu. Wielu z nich zmarło z przepracowania, niedożywienia i chorób. Podczas ewakuacji obozu i marszów śmierci zamordowano kilka tysięcy więźniów.
Obóz koncentracyjny Stutthof miał powierzchnię 120 ha. 39 podobozów rozciągało się od Politz (dziś Police) koło Szczecina po Królewiec (dziś Kaliningrad), Thorn (dziś Toruń) i Bromberg (dziś Bydgoszcz).