Nie znaleziono dotychczas dowodów, pozwalających na postawienie komukolwiek zarzutów, choć są poszlaki o możliwym współudziale wysokich funkcjonariuszy PRL. IPN nie wykluczał wcześniej, że zarzuty mogłyby objąć gen. Wojciecha Jaruzelskiego.
W 2004 r. ujawniono notatkę doradcy Jaruzelskiego, mjr. Wiesława Górnickiego. Wynika z niej, że politycznym inspiratorem porwania ks. Jerzego w 1984 r. był ówczesny sekretarz KC PZPR Mirosław Milewski (już nie żyje). Prasa pisała także o powiązaniach KGB z tym zabójstwem.
W 2006 r. przesądzono zaś, że nie będzie nowego śledztwa w sprawie samego zabójstwa ks. Jerzego. Prokuratura Krajowa uznała wtedy, że ze względu na niewielką wartość dowodową nie wystarczą do tego materiały przekazane Prokuraturze Okręgowej w Toruniu przez IPN z Katowic. IPN wnosił, by prokuratura w Toruniu, która w 1984 r. oskarżała sprawców zbrodni, rozważyła wszczęcie śledztwa co do ewentualnej pomocy w zabójstwie księdza przez "osoby nie będące funkcjonariuszami państwa komunistycznego".
Nigdy nie potwierdzono oficjalnie tez głoszonych m.in. przez dziennikarza Wojciecha Sumlińskiego, by ksiądz zginął później i w innych okolicznościach niż to ustalił sąd w Toruniu, choć co jakiś czas powracają pytania w tej sprawie.
