Finanse WSI były równie pokrętne, jak jego działania. W raporcie często pojawiają się informacje o niejasnych wydatkach, pożyczkach i brakach w dokumentacji.
Działalność Oddziału Y - poprzednika WSI - finansowana była z wpływów pozabudżetowych. Pieniądze nie były wpłacane na konta, bo miały służyć operacjom, dla których nie miały się zachować żadne dokumenty.
Komisja weryfikacyjna przyznaje się w raporcie, że odnalazła w aktach szereg operacji finansowych, których przeznaczenia nie udało jej się określić. Opisuje więc kilka pożyczek i darowizn. Np. to, że 9 października 1990 r. płk Konstatny Malejczyk dostał z kasy Oddziału Y - poprzednika WSI - 7 tys. dolarów USA. Nie znaleziono ani dowodu zwrotu tej sumy, ani wyjaśnienia, czemu te pieniądze miały służyć.
Z kolei płk Eugeniusz Lendzion dostał zaliczkę - 100 tys. dolarów - na "cele ujęte w planie z dn. 13.04.92 r. realizowanym w SKW krypt. Kontrakt nr 0110/92". Co to za cele - nie wiadomo.
