Sprawa sądowa to wynik kontroli, jaką NIK przeprowadziła w fundacji w 2003 roku. Izba ustaliła, że członkowie zarządu sami przyznali sobie premie w wysokości w sumie 400 tysięcy złotych. Wzięli pieniądze, choć nie mieli takiego prawa.
Gdy sprawa wyszła na jaw, protestować zaczęli kombatanci. A Jan Parys twardo usprawiedliwiał decyzję zarządców Polsko-Niemieckiego Pojednania. Przekonywał, że fundacja jest sprawnie zarządzana, a wysokie premie sprawiły, że "o połowę wzrosła efektywność pracy członków zarządu".
Przed sądem Parys tłumaczył, że sprawa się przedawniła. Sędzia jednak zgodził się z przedstawicielami fundacji, którzy uznali, że nie chodzi tu o zwykłe roszczenia pracodawcy wobec pracownika. I że w takim wypadku sprawa przedawnia się dopiero po 10 latach.
