Parlamentarna komisja nie ustaliła jednak, czy stworzone w kraju warunki zostały w praktyce wykorzystane. Wnioski poparło 10 posłów z komisji śledczej, jeden wstrzymał się od głosu, jeden nie uczestniczył w głosowaniu.
Komisja śledcza, która składała się z członków sejmowej komisji bezpieczeństwa narodowego i obrony ustaliła, iż Departament Bezpieczeństwa Państwa (DBP) otrzymał od CIA prośbę o przygotowanie odpowiednich pomieszczeń w celu przetrzymywania w nich osób podejrzewanych o terroryzm. Zebrane przez komisję materiały dowodzą, że w latach 2002-2005 litewską przestrzeń powietrzną niejednokrotnie przekraczały i lądowały na Litwie samoloty, które są kojarzone z CIA.
Według komisji, o realizowaniu wspólnych projektów z CIA wiedzieli byli szefowie DBP Meczys Laurinkus i Arvydas Pocius, a także były wiceszef DBP Dainius Dabaszinskas. Osoby te jednak nie informowały o tym ówczesnych najwyższych władz kraju. Sejmowa komisja bezpieczeństwa narodowego i obrony postanowiła zwrócić się do prokuratury, by ta ustaliła, czy wspomniane osoby swym działaniem nie nadużyły stanowiska służbowego.
Na wniosek Sejmu komisja bezpieczeństwa narodowego i obrony do 22 grudnia miała zbadać, czy na Litwie działały tajne więzienia CIA i czy mogły być więzione w nich osoby podejrzane o terroryzm. W ciągu półtoramiesięcznego dochodzenia przed komisją śledczą zeznania złożyło 56 osób, w tym byli prezydenci Algirdas Brazauskas, Rolandas Paksas, Valdas Adamkus. Pisemnie zeznania złożyła też obecna prezydent Dalia Grybauskaite.
O istnieniu domniemanego więzienia CIA na Litwie dla terrorystów z Al-Kaidy poinformowała w sierpniu amerykańska telewizja ABC. Według niej działało ono od września 2004 roku do listopada 2005 roku w miejscowości Antaviliai, 10 km od Wilna. Miało znajdować się w ośrodku jeździeckim, w budynku, w którym stworzono cele więzienne i specjalne pomieszczenia przeznaczone do przesłuchań. W Antaviliai można było - twierdzi ABC News - przetrzymywać równocześnie osiem osób podejrzanych o terroryzm.
Litwa jest jednym z trzech krajów Europy Środkowej (obok Rumunii i Polski), podejrzewanych o to, że na ich terenie były więzienia CIA. ABC News, cytując swego konsultanta, byłego głównego doradcę ds. terroryzmu w amerykańskiej Radzie Bezpieczeństwa Narodowego Richarda Clarke'a, podała, że "nowe państwa były tak wdzięczne USA za przyjęcie ich do NATO, że były gotowe zrobić wszystko, o co poproszą Amerykanie".
