Khan był oskarżony przez władze Pakistanu o prowadzenie siatki, przekazującej technologię nuklearną bez wiedzy i zgody rządu w Islamabadzie.
Naukowiec udostępnił dokumenty, które jego zdaniem są dowodem na to, że działał jako pośrednik, wpłacając 3 mln dolarów dwóm wyższym oficerom armii pakistańskiej. Następnie mieli oni zatwierdzić przekazanie przez Khana północnokoreańskim specjalistom praktycznej wiedzy dotyczącej technologii jądrowej.
Khan dostarczył także dziennikowi "Washington Post" kopię listu z 1998 roku podpisanego przez przedstawiciela reżimu w Phenianie, w którym po angielsku precyzuje on szczegóły dotyczące nielegalnej umowy.
W liście tym sekretarz Partii Pracy Korei Dzon Bjong Ho miał napisać, że ówczesnemu szefowi sztabu pakistańskiej armii, generałowi Jehangirowi Karamatowi, "zapłacono już 3 miliony dolarów", a "pół miliona dolarów" i trochę biżuterii trafiło w ręce generała Zulfiqara Khana.
Prosi także o dostarczenie pracownikowi północnokoreańskiej ambasady w Pakistanie "uzgodnionych dokumentów, komponentów etc., (...) które zostaną zabrane, gdy nasz samolot wróci po dostarczeniu elementów rakietowych". Według Khana chodzi o części i plany pakistańskich wirówek do wzbogacania uranu.
Jak pisze "Washington Post", wiarygodności listu nie udało się potwierdzić. Wymienieni w nim wojskowi uważają, że został on sfabrykowany. Jednak zdaniem niektórych ekspertów i przedstawicieli zachodnich służb wywiadowczych list jest prawdziwy i potwierdza transakcję, co do której od dawna podejrzewano, że miała miejsce, ale której nie można było udowodnić.
"Niepokój amerykańskich władz od lat budził potencjalny udział pakistańskiego wojska w nielegalnym rozprzestrzenianiu broni jądrowej, częściowo dlatego, że grupy terrorystyczne w regionie i rządy innych krajów są zainteresowane posiadaniem bomby atomowej lub nabyciem zdolności do jej budowy" - pisze waszyngtoński dziennik.
Khan został aresztowany w grudniu 2003 roku w Pakistanie i na początku 2004 zadeklarował przed kamerami telewizji swą wyłączną odpowiedzialność za prowadzenie siatki, która przekazywała wojskową technologię nuklearną Iranowi, Korei Północnej i Libii.
Ówczesny prezydent Pakistanu Pervez Musharraf ułaskawił Khana, który od tej pory miał przebywać w areszcie domowym. Sam Khan w 2008 roku w wywiadzie prasowym powiedział, iż stał się kozłem ofiarnym a Musharraf zmusił go do zeznań "w interesie narodowym". Naukowiec cieszy się w kraju olbrzymią popularnością i uważany jest w Pakistanie niemal za bohatera narodowego, twórcę "islamskiej broni jądrowej".
Komunistyczna Korea Północna w 2005 roku ogłosiła, że posiada broń nuklearną. W 2006 i 2009 roku przeprowadziła dwie próby jądrowe, ale nie jest jasne czy były one udane.
