Średnia głębokość zbiornika to niecałe 12 m. Latem występuje tam obniżenie lustra wody o kilkadziesiąt centymetrów, a Regionalny Zarząd Gospodarki Wodnej w Krakowie wystąpił z wnioskiem o obniżenie spiętrzenia o kolejny metr w celu zwiększenia rezerwy przeciwpowodziowej w lecie.
Tak znaczne obniżenie poziomu wody może jednak spowodować poważne problemy. Z ekspertyzy, przygotowanej przez specjalistów z Instytutu Ochrony Przyrody Polskiej Akademii Nauk w Krakowie wynika, że w jeziorze dojdzie wtedy do niekorzystnych i trwałych zmian, które w efekcie wpłyną negatywnie na jakość wody. Może dojść do znacznych strat w narybku ryb drapieżnych.
Urząd Marszałkowski, który rozpatruje wniosek RZGW, stoi teraz przed bardzo trudną decyzją. Zgoda na obniżenie poziomu wody w zbiorniku dobczyckim pozwoliłaby wprawdzie na zwiększenie rezerwy przeciwpowodziowej, ale jednocześnie doprowadziłaby do degradacji największego (i najlepszego) ujęcia wody pitnej dla kilkuset tysięcy krakowian.
Cała sprawa wzbudza duże kontrowersje. RZGW podtrzymuje swój wniosek, ale władze Krakowa oraz Krakowskie Wodociągi są przeciwne obniżaniu poziomu zbiornika.
