Domniemanie, że w Polsce - i w kilku innych krajach europejskich - mogły być tajne więzienia CIA, wysunęła w 2005 r. organizacja Human Rights Watch. Według niej miało się znajdować na terenie szkoły wywiadu w Kiejkutach lub w pobliżu wojskowego lotniska w Szymanach na Mazurach. Polska konsekwentnie temu zaprzeczała.

W 2006 r. po publikacjach "Washington Post" zarzuty te badała polska rządowa komisja, uznając je za bezpodstawne. Potem analizowała to specjalna komisja Parlamentu Europejskiego, która badała przypadki wydawania ludzi al-Kaidy w ręce amerykańskie na terenie całej Europy. W marcu 2007 r. Polska znalazła się w raporcie komisji jako kraj, w którym "przypuszczalnie w latach 2002-05" działało "co najmniej jedno tajne więzienie", właśnie w Szymanach. Miano w nim przetrzymywać 10 członków al-Kaidy. Strona polska znów odrzuciła te twierdzenia, powtarzając, że w Szymanach odbywały się tylko międzylądowania samolotów USA.

Śledztwo w tej sprawie zostało wszczęte w 2008 r., początkowo prowadzone było w Warszawie, następnie przekazano je do Prokuratury Apelacyjnej w Krakowie (obecnie Regionalnej).

Media w 2016 r. podawały, że postępowanie ma zostać umorzone. Jednak w grudniu 2015 umorzony został tylko jeden z wątków - wyłączony do odrębnego postępowania. Dotyczył on według TVN24 odpowiedzialności karnej funkcjonariuszy publicznych. Według tej stacji miało chodzić m.in. o Zbigniewa Ziobro, który w 2006 r. "jako minister sprawiedliwości i prokurator generalny miał nie podjąć czynności po zawiadomieniu o tym, że na terenie Polski mieli być torturowani więźniowie podejrzani o terroryzm". Ze względu na niejawny charakter postanowienia prokuratura nie ujawniała wówczas, czego ono dotyczyło i zapewniła, że umorzony wątek nie ma wpływu na główny tok postępowania.

Jak poinformował PAP we wtorek prok. Zbigniew Gabryś z Prokuratury Regionalnej w Krakowie, śledztwo nadal jest w toku. "Nie dokonywano wyłączeń materiałów do odrębnych postępowań ani też nie zapadły kolejne postanowienia o częściowym umorzeniu śledztwa" – poinformował prok. Gabryś. "W ubiegłym tygodniu wystąpiono do Prokuratury Krajowej o przedłużenie śledztwa o kolejne sześć miesięcy" - dodał.

W śledztwie jest jeden podejrzany. Jak podała we wtorek Prokuratura Regionalna nadal trwa gromadzenie i analiza dowodów.

Prokuratura Regionalna w Krakowie bada, czy była zgoda polskich władz na stworzenie w Polsce tajnych więzień CIA w latach 2002-03 i sprawdza, czy ktoś z polskich władz nie przekroczył uprawnień, godząc się na tortury, jakim w punkcie zatrzymań CIA w Polsce mieli być poddawani podejrzewani o terroryzm.

W styczniu 2014 r. krakowska prokuratura ujawniła, że w śledztwie zarzuty przedstawiono jednej osobie. Media podawały, że chodzi o b. szefa Agencji Wywiadu Zbigniewa Siemiątkowskiego.

Prokuratura wysyłała kilka wniosków o pomoc prawną do USA. Na pierwszy uzyskała odpowiedź odmowną już na początku postępowania - z uwagi na bezpieczeństwo narodowe. Pod koniec sierpnia 2015 r. USA odrzuciły kolejne cztery polskie wnioski o pomoc prawną. W odpowiedzi Amerykanie powołali się na unormowania aneksu do polsko-amerykańskiej umowy o pomocy prawnej, zgodnie z którym można odmówić takiej pomocy, powołując się na bezpieczeństwo narodowe.

Status pokrzywdzonych w śledztwie mają trzy osoby, które twierdzą, że były przetrzymywane w Polsce: Saudyjczyk Abd al-Rahim al-Nashiri, Palestyńczyk Abu Zubaida i Jemeńczyk Walid bin Attash. Pod koniec lipca 2014 r. Europejski Trybunał Praw Człowieka orzekł, że Polska ma zapłacić po 100 tys. euro zadośćuczynienia za naruszenie Europejskiej Konwencji Praw Człowieka Abu Zubajdzie i Abd al-Rahim al-Nashiriemu. Zubajdzie przyznano dodatkowe 30 tys. euro zwrotu kosztów. W lutym 2015 r. Trybunał w Strasburgu odrzucił odwołanie rządu od wyroku uznającego, że Polska naruszyła konwencję praw człowieka ws. więzień CIA, i odszkodowania wypłacono.