Koncern nie istnieje od 2007 roku. Jego dawny majątek rozparcelowano między inne, większe firmy. Dziś dawni członkowie kierownictwa walczą o odzyskanie majątku.

Przed sądem w Amsterdamie brytyjska gałąź spółki wytoczyła proces o odszkodowanie za zamrożenie kont w 2008 roku. Chce odzyskać 333 miliony dolarów plus odsetki. Inna spółka zależna, Yukos Capital, pozwała w 2010 roku rosyjski koncern naftowy Rosnieft na kwotę 13 miliardów rubli. Do tego dochodzą odsetki w wysokości 4,6 miliarda rubli. 

Zdaniem ekspertów, również Michaił Chodorkowski będzie mógł przystąpić do pozwu. Jako dawny szef Jukosu, o transakcjach firmy wie więcej niż ktokolwiek innych. W wiele z nich był też prawdopodobnie osobiście zaangażowany.