Na liście osób, które miały wiedzę o okolicznościach śmierci księdza Popiełuszki i zmarły w niewyjaśnionych okolicznościach jest m.in. Jan O. z Włocławka. Widział on, jak jacyś ludzie wrzucali do Wisły zwłoki księdza wtedy, gdy oskarżeni o zabójstwo (i o ukrycie zwłok) od dwóch dni siedzieli w areszcie. Jan O. zmarł w szpitalu wskutek zatrucia alkoholem metylowym.

W podobny sposób poniosły śmierć dwie inne osoby z najbliższej rodziny księdza Popiełuszki.

W tajemniczym wypadku drogowym (niezidentyfikowana do dziś ciężarówka staranowała auto osobowe) zginęli dwaj funkcjonariusze Biura Śledczego MSW. Obaj badali (podobno nazbyt intensywnie) wcześniejszą działalność i powiązania esbeków oskarżonych o zamordowanie księdza Jerzego.

Tygodnik nie podaje jednak kiedy doszło do tych tajemniczych wypadków. Nie wiadomo też, kto miałby je organizować i w jakim celu.

Ks. Popiełuszko został uprowadzony przez funkcjonariuszy Służby Bezpieczeństwa 19 października 1984 r. Dwa tygodnie później z zalewu na Wiśle koło Włocławka wyłowiono jego zwłoki. W czasie sekcji wykazano ślady torturowania.

W tzw. "procesie toruńskim" toczącym się od grudnia 1984 r. do lutego 1985 r. przed Sądem Wojewódzkim w Toruniu, trzej oficerowie MSW (kpt. Grzegorz Piotrowski – naczelnik wydziału Departamentu IV, por. Leszek Pękala i por. Waldemar Chmielewski) zostali oskarżeni i skazani za uprowadzenie, torturowanie i zabójstwo, zaś ich przełożony – płk Adam Pietruszka (zastępca dyrektora Departamentu IV MSW) – za sprawstwo kierownicze zbrodni.

Proces ten, podobnie jak następny dotyczący tej sprawy, a obejmujący jako oskarżonych gen. Władysława Ciastonia i gen. Zenona Płatka (obaj zostali w 1994 r. uniewinnieni z zarzutu współsprawstwa), nie ujawnił wszystkich okoliczności i inspiratorów zbrodni, co do dziś budzi liczne dyskusje.