Moczulski sam wystąpił o autolustrację - mówił, że chce oczyścić się z zarzutów o współpracę z SB. W 1992 roku trafił na słynną listę domniemanych współpracowników bezpieki.

W sądzie Moczulski bronił się, że SB sfałszowała jego teczkę, żeby go skompromitować. Sąd jednak nie uwierzył mu i uznał, że jako tajny współpracownik "Lech" opowiadał SB m.in. o swoich kolegach. I brał za to pieniądze. Sąd orzekł też, że w latach 70. Moczulski porzucił współpracę z SB i "zdecydowanie przeszedł do opozycji".