Lustracja Moczulskiego ciągnie się od dziewięciu lat. Był on pierwszą osobą, która w 1999 roku wystąpiła do sądu o tzw. autolustrację. W 1992 roku ówczesny szef MSW Antoni Macierewicz umieścił go na liście domniemanych agentów UB i SB.
W 2006 roku niestniejący już sąd lustracyjny ostatecznie orzekł, że Moczulski zataił w swoim oświadczeniu lustracyjnym, iż od 1969 do 1977 roku był tajnym i świadomym współpracownikiem SB o kryptonimie Lech.
Adwokat Moczulskiego chciał stwierdzenia, że nie był on agentem SB i uchylenia wyroku Sądu Lustracyjnego. Sąd jednak zdecydował inaczej. "W tej sprawie, jak w żadnej innej, istniał materiał dowodowy, który pozwalał na wszechstronną ocenę" - argumentował orzeczenie sędzia SN Jerzy Grubba. Dodał, że Moczulski spotykał się z oficerami SB prawie 100 razy. Z tych spotkań powstało ponad 60 notatek.
"Stopień szkodliwości działań lustrowanego nie jest w ogóle przedmiotem postępowania lustracyjnego, a przekazywane informacje nie muszą być dla SB szczególnie istotne" - tak Grubba odniósł się do tezy obrony, że Moczulski nikogo nie skrzywdził. "Ustawa nie przewiduje wartościowania współpracy, a jedynie stwierdzenie faktu współpracy lub jej braku" - dodał sędzia.
Wyrok oznacza, że 78-letni Moczulski nie może przez 10 lat pełnić funkcji publicznych.
Były lider KPN zapowiedział już, że złoży skargę do Europejskiego Trybunału Praw Człowieka. Zapewnia, że jego kontakty z SB nie miały charakteru tajnej i świadomej współpracy. Do tego twierdzi, że akta sprawy sfałszowano na polecenie ZSRR. Wyraził przy tym nadzieję, że akta w Moskwie będą kiedyś ujawnione, a wtedy - jak mówi - "dowiemy się, jak było naprawdę".