Studenci zarzucali Szamałce, że pełniąc w latach 70. funkcję szefa Rady Uczelnianej SZSP, nie przeciwstawiał się, a nawet pośrednio aprobował akcje rozbijania przez bojówki zebrań Towarzystwa Kursów Naukowych.
"Głównym zarzutem z naszej strony było roztaczanie przez Szamałkę parasola ochronnego nad działaniami bojówek wymierzonymi w "Latające Uniwersytety" oraz popieranie idei "konfrontacji" z wykładowcami TKN, która niekoniecznie musiała być rozumiana, jako konfrontacja słowna” - mówi senator studencki Jan Zakrzewski.
Zgodnie z materiałami informacyjnymi Studenckiego Komitetu Solidarności, w okresie od stycznia do marca 1979 r. bojówkarze dopuścili się serii pobić uczestników TKN. Do najbardziej znanej akcji doszło 21 marca 1979 r., kiedy pomimo odwołania wykładu Jacka Kuronia, do jego mieszkania wdarło się kilkudziesięciu bojówkarzy. Wśród pobitych wówczas osób znaleźli się: Grażyna Kuroniowa, Maciej Kuroń, Adam Michnik, Henryk Wujec, Konrad Bieliński, Seweryn Blumsztajn oraz Wojciech Malicki. Maciej Kuroń i Henryk Wujec zostali tak dotkliwie pobici, że stracili przytomność. Kuroń w stanie ciężkim trafił do szpitala. U obu stwierdzono wstrząs mózgu.
Kilka dni później Rada Uczelniana SZSP na UW, pozostająca wówczas pod rządami Szamałki, wydała ulotkę, z której można było się dowiedzieć, że to Kuroń i jego przyjaciele, w celu spowodowania awantury, wpuścili do mieszkania trzy osoby i pobili je dotkliwie, co spowodowało reakcję ich kolegów.
W 1981 r. NZS oskarżyło Krzysztofa Szamałka o organizowanie bojówek napadających na wykładowców i słuchaczy tzw. latającego uniwersytetu. Sprawę badała komisja uniwersytecka, która oczyściła go z zarzutów.. Również sąd uznał, że w przypadku dr Szamałki nie można mówić o inspirowaniu do przemocy.
Studenci od lat blokwali jego awans na stanowisko profesora nadzwyczajnego. Udało się to im na posiedzeniach Senatu w 2004 r. i w 2006 r. Teraz nominację Krzysztofa Szamałka poparło 28 senatorów, 10 było przeciw, 8 wstrzymało się od głosu.
