Studenci zarzucali Szamałce, że pełniąc w latach 70. funkcję szefa Rady Uczelnianej SZSP, nie przeciwstawiał się, a nawet pośrednio aprobował akcje rozbijania przez bojówki zebrań Towarzystwa Kursów Naukowych.
" która niekoniecznie musiała być rozumiana, jako konfrontacja słowna” - mówi senator studencki Jan Zakrzewski.
Zgodnie z materiałami informacyjnymi Studenckiego Komitetu Solidarności, w okresie od stycznia do marca 1979 r. bojówkarze dopuścili się serii pobić uczestników TKN. . Wśród pobitych wówczas osób znaleźli się: Grażyna Kuroniowa, Maciej Kuroń, Adam Michnik, Henryk Wujec, Konrad Bieliński, Seweryn Blumsztajn oraz Wojciech Malicki. Maciej Kuroń i Henryk Wujec zostali tak dotkliwie pobici, że stracili przytomność. Kuroń w stanie ciężkim trafił do szpitala. U obu stwierdzono wstrząs mózgu.
Kilka dni później Rada Uczelniana SZSP na UW, pozostająca wówczas pod rządami Szamałki, wydała ulotkę, z której można było się dowiedzieć, że to Kuroń i jego przyjaciele, w celu spowodowania awantury, wpuścili do mieszkania trzy osoby i pobili je dotkliwie, co spowodowało reakcję ich kolegów.
W 1981 r. NZS oskarżyło Krzysztofa Szamałka o organizowanie bojówek napadających na wykładowców i słuchaczy tzw. latającego uniwersytetu. Sprawę badała komisja uniwersytecka, która oczyściła go z zarzutów.. Również sąd uznał, że w przypadku dr Szamałki nie można mówić o inspirowaniu do przemocy.
ę
