Zadaniem Komisji Badania Wypadków Lotniczych Lotnictwa Państwowego, którą kieruje Miller, jest ustalenie okoliczności i przyczyn katastrofy oraz wydanie zaleceń i wniosków dla uniknięcia podobnych wypadków w przyszłości. W skład 34-osobowej komisji wchodzą eksperci badający katastrofy lotnicze, prawnicy specjalizujący się w międzynarodowym i polskim prawie lotniczym, osoby wykonujące zawód pilota w liniach pasażerskich oraz zajmujące się tematyką bezpieczeństwa w transporcie lotniczym.
Premier Donald Tusk zapowiedział, że ostateczny termin publikacji raportu tej komisji to 29 lipca. Obecnie na końcowym etapie jest tłumaczenie raportu na język angielski i rosyjski. Z dotychczas ujawnionych ustaleń wynika, że obie strony, polska i rosyjska były nieprzygotowane do lotu Tu-154M 10 kwietnia 2010 r. Błędy popełnili zarówno polscy piloci, jak i rosyjscy kontrolerzy.
Członkowie komisji zaznaczali, że choć większość błędów, które doprowadziły do katastrofy, leżała prawdopodobnie po stronie polskiej, to dopuścili się ich także Rosjanie. Chodzi m.in. o sposób sprowadzania samolotu przez kontrolerów w Smoleńsku, stan lotniska i presję przełożonych - pod którą, zdaniem polskich ekspertów, były osoby pracujące tego dnia na wieży kontroli lotów.
Komisja nie orzeka o winie, ani o odpowiedzialności za katastrofę. Ewentualne zarzuty konkretnym osobom w związku z katastrofą smoleńską może natomiast postawić prokuratura. Śledztwo w sprawie tragedii od 10 kwietnia zeszłego roku prowadzi Wojskowa Prokuratura Okręgowa w Warszawie. WPO w odrębnym postępowaniu bada też sprawę lądowania na lotnisku w Smoleńsku polskiego samolotu Jak-40 z kilkunastoma pasażerami - m.in. dziennikarzami - na pokładzie, którzy mieli obsługiwać uroczystości w Katyniu 10 kwietnia.
Wojskowi prokuratorzy ujawnili, że w sprawie katastrofy badane są cztery grupy zagadnień (wersje). Wersja I to usterki techniczne samolotu; wersja II to zachowanie załogi, w tym błąd w technice pilotowania i naruszenie regulaminowych zasad lotu; wersja III to zła organizacja i zabezpieczenie lotu, w tym nieprawidłowości polskiego personelu naziemnego i nieprawidłowości rosyjskiego personelu naziemnego; wersja IV obejmuje zaś zachowanie osób trzecich, np. zamach terrorystyczny, sugestie i oczekiwania od załogi określonego postępowania.
Do tej pory w sposób rozstrzygający prokuratura wypowiedziała się na temat części ostatniego z tych wątków. Rok po katastrofie prokuratorzy wojskowi poinformowali, że nie znaleziono przesłanek, by stwierdzić, że 10 kwietnia pod Smoleńskiem doszło do "czynu o charakterze terrorystycznym".
Obecnie prokuratura nadal czeka na opinie biegłych dotyczące zapisów "czarnych skrzynek" tupolewa, a także na kolejną partię dokumentów z rosyjskiego postępowania dotyczącego katastrofy. Oryginalne zapisy z dwóch rejestratorów rosyjskiej produkcji w czerwcu analizowali w Moskwie polscy biegli, wydanie końcowych opinii uzależnione jest jednak od przekazania przez rosyjski Komitet Śledczy protokołów z tych oględzin.
Ponadto cywilna prokuratura okręgowa na warszawskiej Pradze prowadzi wyłączony wątek głównego śledztwa dotyczący ewentualnego niedopełnienia obowiązków lub przekroczenia uprawnień przez urzędników i funkcjonariuszy publicznych kancelarii prezydenta, premiera, MSZ, MON, polskiej ambasady w Moskwie i BOR w związku z organizacja wizyt w Katyniu premiera Donalda Tuska (7 kwietnia 2010 r.) i prezydenta Lecha Kaczyńskiego (10 kwietnia). W sprawie tej trwają przesłuchania świadków.
Również Najwyższa Izba Kontroli jesienią 2010 r. rozpoczęła analizę zagranicznych i krajowych lotów z najważniejszymi osobami w państwie. Izba sprawdza okres od 2005 do końca 2010 r. Skupia się na wyszkoleniu pilotów, którzy latali z VIP-ami oraz organizacji wizyt. Kontrolerzy NIK pojawili się już m.in. w MON, wojsku - w tym w 36. Specjalnym Pułku Lotnictwa Transportowego, który lata z najważniejszymi osobami, oraz jednostkach, w których wcześniej służyli piloci specpułku - a także m.in. kancelariach premiera i prezydenta, MSZ, BOR i policji.
Według rzecznika prasowego NIK Pawła Biedziaka, wyniki kontroli mają być znane w listopadzie lub grudniu. Raport trafi do Sejmu. Jeśli kontrolerzy natrafiają na przestępstwo lub zaniedbanie, zawiadomią prokuraturę albo inne organy ścigania. Biedziak zapowiadał w marcu, że generalne wnioski będą jawne, natomiast część materiałów pozostanie tajna, m.in. ze względu na bezpieczeństwo najważniejszych osób w państwie.
Piątkowa "Rzeczpospolita" napisała, że w trakcie kontroli "Izba dopatrzyła się wielu nieprawidłowości". Wnioskom NIK - według gazety - miał ostro się sprzeciwić szef MON Bogdan Klich. Z kolei radio RMF FM podało, że kontrolerzy podczas spotkania z ministrem Klichem oskarżyli go o złamanie prawa przy czarterze samolotów embraer do przewozu VIP-ów. MON wyczarterował od PLL LOT dwie maszyny Embraer 175 latem 2010 r. - za 25 mln zł rocznie na maksymalnie cztery lata. Samoloty wybrano bez przetargu.
"Rzeczywiście podczas tego spotkania kontrolerzy NIK zarzucili panu ministrowi wprost złamanie prawa przy pozyskaniu samolotów dla najważniejszych osób w państwie" - powiedział PAP rzecznik prasowy MON Janusz Sejmej. Pytany, czego konkretnie dotyczyły zarzuty NIK, Sejmej odpowiada: "Myślę, że chodziło tutaj o to, że ta umowa na czarter samolotu od naszego narodowego przewoźnika przeprowadzona była bez przetargu".
Rzecznik MON podkreślił, że w szczególnych sytuacjach prawo dopuszcza możliwość pozyskania sprzętu bez przetargu. "Taką szczególną okolicznością była także tragedia smoleńska z 10 kwietnia 2010 r. Stąd oburzenie pana ministra i stąd też zwrócenie uwagi inspektorom, że na tym etapie, gdy raport NIK się tworzy, ferowanie wyroków, przesądzanie sprawy jest skrajnie nieobiektywne i skandaliczne" - powiedział Sejmej.
Biedziak zapewnił w rozmowie z PAP, że Izba w tym momencie niczego nie zarzuca ministrowi Klichowi. "Na takie wnioski jest za wcześnie. Raport będzie gotowy pod koniec roku. W tej chwili można powiedzieć, że zostały zgromadzone materiały, które musza być przeanalizowane. Być może konieczne będzie powołanie ekspertów" - zaznaczył.
