Do 1989 r. monopol na handel bronią miał Centralny Zarząd Inżynierii, który podlegał Ministerstwu Handlu Zagranicznego, a potem Ministerstwu Współpracy Gospodarczej z Zagranicą. Po wejściu w życie ustawy o działalności gospodarczej w 1989 r. handlem bronią zajęły się spółki "CENZIN" i "CENREX".
Na przełomie 1991/92 r. WSI stworzyły specjalne oddziały, które miały nielegalnie handlować bronią. Kierowali nimi m.in. oficerowie wywodzący się z Oddziału Y i szkoleni w ZSRR: Eugeniusz Lendzion i Cezary Lipert. Zyski z tych operacji miały trafiać do wojskowych służb specjalnych. Miały się tym zająć firmy kontrolowane przez oficerów pod przykryciem: Cenrex, Steo, Falcon.
WSI twierdziło, że na taką działalność zgodził się szef MON. Podstawy prawne kontrwywiad WSI znalazł w dyrektywie ministra Janusza Onyszkiewicza z 3 grudnia 1992 r. W dokumencie Onyszkiewicz zezwalał na zasilanie funduszu operacyjnego kontrwywiadu w pieniądze z działalności operacyjnej.
WSI sprzedawało broń m.in. do krajów nadbałtyckich. Transakcja miała dostarczyć WSI ok. 150-200 tys. dolarów. Autorzy raportu nie odnaleźli pisemnej zgody Szefa Sztabu Generalnego WP. Do akcji zaangażowano Jerzego Dembowskiego. W połowie lat 80. prowadził z ramienia wywiadu operacje handlu bronią z arabskimi terrorystami, a w końcu lat 80. kierował nielegalnym sprowadzaniem na teren państw sowieckich technologii informatycznych, które były następnie dostarczane do ZSRR (na Ukrainę) i do Korei Północnej. W 1989 r. Dembowski na polecenie generała Władysława Seweryńskiego. Utworzył firmę Cenrex. Dembowskiemu pomagał Edward Ochnio, w latach 80. współpracownik Oddziału Y Zarządu II.
W 1992 r. Dembowski, jeszcze jako reprezentant "Cenrex-u", sprzedał broń do Ludowo-Demokratycznej Republiki Jemenu, którą reprezentowała firma Menzer Galiona, a w rzeczywistości syryjski terrorysta Monzer Al-Kassar. Był zamieszany w zamachy terrorystyczne, w których zginęło ponad 400 osób. Jego nazwisko pojawiało się przy okazji eksplozji Jumbo-Jeta nad szkocką miejscowością Lockerby. Dembowski poznał go i z polecenia wywiadu wojskowego PRL prowadził negocjacje dotyczące handlu bronią, gdy w latach 1982-87 był attache handlowym w Trypolisie (Libia).
W maju 1994 policja estońska przechwyciła dużą ilość pistoletów TT. 2420 sztuk było z Polski. Nie zraziło to agentów WSI i kontynuowali współpracę z estońskimi przestępcami. Dwa lata później estońscy celnicy ujawnili kolejny przemyt broni z Polski - tym razem 1600 szt. pistoletów TT w kontenerach z makaronem należącym do firmy Danuta z Malborka.
Gdy afera przemytu broni do Estonii została w 1996 r. ujawniona, WSI świadomie wprowadziły w błąd urzędującego premiera Włodzimierza Cimoszewicza. Za pośrednictwem UOP przekazano mu, że WSI nie mają informacji na temat współpracy Edwarda Ochnio z wojskowymi służbami specjalnymi.
Kolejnym biznesem WSI było stworzenie firmy Falcon. Z notatek oficera Marka Słonia wynika, że właścicielem firmy był współpracownik działający jako osoba zaufana (OZ) ps. MATUS, czyli płk rez. Witold Wąsikowski. Spółka wykorzystywała aparat państwa do wspierania nielegalnie działających firm.
Z raportu komisji Macierewicza wynika, że WSI chroniła swojego współpracownika "WOLFGANGA FRANKLA" i prowadzone przez niego nielegalne operacje - nie tylko te związane z handlem bronią, lecz też z praniem brudnych pieniędzy razem z włoską mafią. W tym przypadku służby działały przeciw policji. Dlaczego? Bo policja miała informacje, że "FRANKL" prał brudne pieniędze i związki z międzynarodowym handlarzem bronią Kashogim (znanym także jako Monzer Al Kassar). Wysokość transakcji to prawdopodobnie około 100 mln dolarów.
WSI interweniowały też u Prokuratora Generalnego w sprawie zwolnienia go z aresztu swoich współpracowników. Zrobiły tak w przypadku Stanisława Wyrożemskiego. Był on pracownikiem Zarządu II SG LWP i od 1985 r. pracował jako rezydent w przedstawicielstwie CENZIN-u w Austrii. Po odejściu z zawodowej służby Wyrożemski zajął się pośrednictwem w handlu bronią. Prowadził spółkę "Arespo" i firmę Kunat. Pomógł w transakcji między firmą Bumar-Łabędy a państwem Myanmar (b. Birmą). Wyżoremski zagarnął przy okazji ponad 8 mln dolarów. W tej sprawie prokuratura w Katowicach prowadziła od 1992 r. śledztwo, a w marcu 93 roku Wyżoremskiego aresztowano. W grudniu 2002 r. Sąd Rejonowy dla Warszawy-Śródmieście umorzył postępowanie wobec mężczyzny. Dopiero wtedy zakończył on współpracę z WSI.
Według raportu, WSI miały też związki z grupami terrorystycznymi. Przykładem takich powiązań jest udział w egipskiej transakcji Adnana Kashogiego. Kashogi (vel Monzer Al-Kasser) to znany z przestępczej działalności międzynarodowej i karany za handel bronią wspólnik Edmunda Ochnio i Jerzego Dembowskiego. Rolę Al Kassera w transakcji zatajano i znało ją bardzo ograniczone grono osób z Cenrexu i Zarządu WSI.
Kolejnym przykładem na działania WSI w handlu bronią była operacja "H", prowadzona przez Zarząd II. Jej celem miało być wprowadzenie polskiej agentury do rosyjskiego przemysłu stoczniowego. Stało się jednak odwrotnie - rosyjskie służby wprowadziły do polskiego przemysłu stoczniowego swojego człowieka, równocześnie korumpując kierownictwo Marynarki Wojennej.
W raporcie komisji Macierewicza pada też nazwisko Jacka Merkla. To były wysoki urzędnik Kancelarii Lecha Wałęsy, jeden z założycieli Unii Wolności i biznesmen. Jest wymieniony jako "operacyjnie" interesujący.
W 1995 roku Mohammed Al-Khafagi, z Jackiem Merklem i Januszem Baranem założyli firmę Caravana Polsko-Arabska spółka z o.o. Według WSI, ta firma powstała za zgodą generałów: Henryka Jasika i Gromosława Czempińskiego.
W raporcie można przeczytać, że z informacji UOP dla WSI wynikało, że Al-Khafagi ma powiązania z irackimi służbami specjalnymi. Natomiast według ustaleń ppłk. Słonia - Jacek Merkel "miał naturalne dotarcie" do polityków Unii Wolności i niektórych urzędników kancelarii Aleksandra Kwaśniewskiego. Mohammed Al-Khafagi starał się wykorzystywać kontakty Merkla do zapewnienia sobie bezpieczeństwa osobistego. Według WSI, Jacek Merkel (w dokumentach operacyjnych nazwano go Bankierem) działał z inspiracji UOP.
Prowadząc działalność gospodarczą Bankier nawiązał kontakty polityczne przydatne dla aktualnych decydentów (w tym zagraniczne). (...) Osoba Bankiera może być "kluczem" do zrozumienia określonych zjawisk gospodarczych, które występują na naszym rynku telekomunikacyjnym i zbrojeniowym.
