Europejski Trybunał Obrachunkowy (ETO) to kolejna instytucja, która bierze pod lupę działalność Frontexu. Jego problemy zaczęły się w październiku 2020 r., kiedy europejscy pogranicznicy działający na Morzu Egejskim zostali oskarżeni o udział w odpychaniu łodzi z migrantami. Ręka w rękę z greckimi funkcjonariuszami mieli zawracać ludzi próbujących przedostać się z wód tureckich na greckie, co oznaczało, że łamano ich prawo do ubiegania się o azyl. Szef Frontexu Fabrice Leggeri odpierał zarzuty. Twierdził, że nie ma wystarczających dowodów na udział europejskich pograniczników w takich praktykach.
Ale działalność agencji zaczęła przykuwać uwagę kolejnych organów. Śledztwo wszczął Europejski Urząd ds. Zwalczania Nadużyć Finansowych (OLAF), który według medialnych doniesień przeszukał biura Frontexu w Warszawie. Sprawie zaczął przyglądać się także europejski ombudsman, a Parlament Europejski zawiesił zaakceptowanie sprawozdania finansowego Frontexu za 2019.