Pod koniec budowy, tuż przed przybyciem Jana Pawła II w celu poświęcenia sanktuarium, przy budowie pracowało ponad 100 robotników na dwie zmiany (w najbardziej gorącym okresie było ich 200). W dolnym kościele mieszczą się kaplice pw. św. Faustyny (dar Episkopatu i wiernych Włoch). Kaplica zakonna Zgromadzenia Sióstr Matki Bożej Miłosierdzia, w której znajdują się relikwie św. Faustyny i słynący łaskami obraz Jezusa Miłosiernego, została wpisana na listę sanktuariów przez kard. Karola Wojtyłę już w 1968 r. W 1992 r. kardynał Franciszek Macharski wydał dekret ustanawiający to miejsce sanktuarium Bożego Miłosierdzia.