Dudek w rozmowie z "Rzeczpospolitą" stwierdza, że służby specjalne bardzo niechętnie przyglądały się powstawaniu Instytutu. Działo się tak względu na przejęte przez historyków nieprzebrane archiwa dokumentów. Co więc robiono, by utrudnić działalność IPN? "Głównie polegało to na wprowadzaniu w błąd władz Instytutu. Poszczególne służby zgodnie z ustawą miały obowiązek przekazywania archiwów. Często szło to opornie. Kiedy jednak szefowie tych służb przychodzili na spotkania z władzami Instytutu, deklarowali, że już niemal wszystko zostało przekazane. Kiedy później dochodziło do zmiany szefa w tych służbach, okazywało się, że znajdowało się tam jeszcze całkiem sporo akt, które do IPN nie trafiły" - tłumaczy historyk.
Szczególnie trudno układała się współpraca Instytutu z nieistniejącymi już Wojskowymi Służbami Informacyjnymi. Ich ostatni szef, Marek Dukaczewski, deklarował, że IPN otrzymał od WSI wszystkie dokumenty. Tymczasem - jak mówi prof. Dudek - po rozwiązaniu WSI okazało się, że w jej archiwach wciąż są akta. "Do tego sposób, w jaki WSI przekazały IPN swoje materiały, wskazywał na ich celowe pomieszanie" - dodaje historyk.
Mówi też o naciskach w sprawie umieszczania materiałów służb w zbiorze zastrzeżonym, do którego archiwiści i historycy nie mają dostępu. "Przy tworzeniu zbioru zastrzeżonego obowiązywała następująca procedura. Służba przekazująca akta do IPN występowała do prezesa Instytutu o ich umieszczenie w zbiorze zastrzeżonym. Gdyby prezes nie wyraził na to zgody, instancją odwoławczą miało być Kolegium IPN. Rzecz w tym, że prezes Leon Kieres w pierwszych latach urzędowania wyrażał zgodę na zdecydowaną większość wniosków szefów służb" - tłumaczy Dudek.
