Msza pogrzebowa odprawiana pod przewodnictwem metropolity poznańskiego abp. Stanisława Gądeckiego rozpoczęła się w południe, o tej godzinie w hołdzie zmarłemu rozległy się miejskie syreny alarmowe. Homilię wygłosił metropolita gdański abp Sławoj Leszek Głódź. Urna z prochami prezydenta Gdańska została złożona w niszy w kaplicy św. Marcina. Pawła Adamowicza pożegnała najbliższa rodzina, w tym rodzice, żona Magdalena, córki Antonina i Teresa oraz brat Piotr. Po mszy głos zabrała m.in. żona zmarłego prezydenta oraz córka Antonina, jego brat Piotr Adamowicz, o. Ludwik Wiśniewski, Aleksander Hall i prezydent Sopotu Jacek Karnowski. Specjalny list do uczestników pożegnania skierował prymas Polski abp. Wojciech Polak.
W mszy św. uczestniczyli prezydent Andrzej Duda, szef Rady Europejskiej Donald Tusk z małżonką, byli prezydenci z żonami: Lech Wałęsa, Aleksander Kwaśniewski i Bronisław Komorowski. Na uroczystości przybyli także premier Mateusz Morawiecki z żoną oraz b. premierzy: Hanna Suchocka, Jan Krzysztof Bielecki, Włodzimierz Cimoszewicz, Waldemar Pawlak, Jerzy Buzek, Leszek Miller, Marek Belka, Kazimierz Marcinkiewicz, Ewa Kopacz. W uroczystościach uczestniczyli także wicepremier i minister kultury i dziedzictwa narodowego Piotr Gliński oraz minister zdrowia Łukasz Szumowski. Prezydium Sejmu reprezentowała wicemarszałek Małgorzata Kidawa-Błońska (PO), a Senatu - wicemarszałek Bogdan Borusewicz (PO). Był także kontrkandydat Adamowicza w ostatnich wyborach samorządowych Kacper Płażyński (PiS).
W mszy św. pogrzebowej wziął też udział Jerzy Owsiak, założyciel Wielkiej Orkiestry Świątecznej Pomocy (WOŚP), Rzecznik Praw Obywatelskiej Adam Bodnar, szef Gdańskiej Rady Imigrantów Aws Kinani, b. prezydent Warszawy Hanna Gronkiewicz-Waltz. Po złożeniu urny w kaplicy w Bazylice zabrzmiał utwór "Con te partiro". Msza miała charakter ekumeniczny – wzięli w niej udział m.in. przedstawiciele lokalnych gmin – żydowskiej i muzułmańskiej a także kościoła prawosławnego i zielonoświątkowego. Oprawę muzyczną zapewniły Polski Chór Kameralny "Schola Cantorum Gedanensis" i Cappella Gedanensis.
Pomorska policja poinformowała, że we wnętrzu Bazyliki w pożegnaniu udział wzięło około 4,5 tysiąca osób. Wielu spośród uczestników uroczystości pogrzebowych miało przypięte znaczki z herbem Gdańska i napisem "Wszystko dla Gdańska", wielu miało także serduszka Wielkiej Orkiestry Świątecznej Pomocy.
Ponad 40 tysięcy przebywało w bezpośrednim sąsiedztwie świątyni oraz przed telebimami ustawionymi w czterech puntach w historycznym centrum Gdańska. W jednym z tych miejsc - na Wyspie Ołowianka - zgromadzili się m.in. członkowie ruchu Wszystko dla Gdańska, z którego komitetu startował w ostatnich wyborach samorządowych prezydent Adamowicz. Od sobotniego rana na ulicach Gdańska trwa kwesta na rzecz Hospicjum im. ks. Dutkiewicza i WOŚP. Wolontariusze kwestują zgodnie z wolą rodziny tragicznie zmarłego prezydenta, by zamiast kwiatów i zniczy, przekazywać datki dla hospicjum i Orkiestry.
W niedzielę wieczorem Pawła Adamowicza zaatakował nożem w centrum miasta 27-letni Stefan W., który podczas finału WOŚP wtargnął na scenę. Samorządowiec trafił do Uniwersyteckiego Centrum Klinicznego w Gdańsku, gdzie w poniedziałek po południu zmarł. Paweł Adamowicz miał 53 lata, prezydentem Gdańska był od 20 lat.
