Członkom kapituły nie podoba się linia redakcyjna "Wprost", który od początku istnienia nagrody patronował jej medialnie. Zastrzeżenia dotyczą przede wszystkim wyraźnych sympatii politycznych okazywanych przez autorów tekstów tygodnika.

"Wielu z nas ten związek uwierał i chcemy zautonomizować tę nagrodę, oderwać ją od jakichkolwiek koniunktur, sympatii i antypatii politycznych" - powiedział TOK FM Tomasz Wołek, laureat nagrody z 1997 roku, obecny dyrektor programowy stacji telewizyjnej Tele 5. Wśród protestujących znaleźli się też miedzy innymi prof. Władysław Bartoszewski, Lech Wałęsa, Andrzej Olechowski, Jan Krzysztof Bielecki. Ich zdaniem nagrody powinna przyznawać niezależna fundacja, którą mają zamiar założyć jeszcze w tym roku.

Redaktor naczelny tygodnika "Wprost" Stanisław Janecki dziwi się decyzji Kapituły i zaznacza, że pismo nigdy nie wpływało na wybór laureatów. "To jest tak jakby członkowie kapituły sami sobie mówili, że wybierali być może niewłaściwych ludzi. Nie chcemy w to wnikać bo to nie są nasze kompetencje tylko kompetencje kapituły, więc nasz rola w tym się skończyła a kapituła może sobie robić, co chce".

Nagrodę Kisiela przyznał po raz pierwszy w 1990 roku sam Kisielewski. Po jego śmierci o laureatach decydowała Kapituła Nagrody Kisiela, Jerzy Kisielewski - syn Stefana) i Marek Król (b. redaktor naczelny "Wprost"). Nagroda co roku trafiała w ręce osób, których działalność jest zgodna z duchem twórczości publicysty Stefana Kisielewskiego. Wręczano ją w trzech kategoriach: polityk, publicysta i przedsiębiorca. Kapituła Nagrody Kisiela składa się z 58 żyjących dotychczasowych laureatów.