Gdy w minioną środę IPN opublikował książkę "Aparat represji wobec ks. Jerzego Popiełuszki", w której zawarte są liczne donosy na tego kapłana, sygnowane m.in. przez TW Jankowski, czyli ubeckim pseudonimem ks. Czajkowskiego, ten wydał specjalne oświadczenie. Powołując się na swoje sumienie stwierdził: "Wejrzawszy przed Bogiem w moją pamięć i sumienie - oświadczam z pełnym przekonaniem, że nigdy nie donosiłem na Księdza Jerzego Popiełuszkę".
Sumienie to sprawa prywatna i nie jest przyjęte, aby ktoś obcy w nim grzebał, jednak jeśli osoba publiczna ujawnia jego meandry całej Polsce, nie sposób się do tego nie odnieść. Tym bardziej, gdy ktoś, powołując się na sumienie, dokonuje oceny budzącej poważny sprzeciw .
Ks. Czajkowski nie wypiera się, przez lata był tajnym współpracownikiem SB. Czyni jednak rozróżnienie charakteru tej współpracy na okres, gdy do połowy lat 70. pracował na Dolnym Śląsku i własnoręcznie pisał donosy oraz na okres warszawski, gdy kontakty z SB polegały na częstych rozmowach z płk. Adamem Pietruszką, który na ich podstawie sporządzał notatki sygnowane TW Jankowski. To właśnie te notatki znajdują się w książce IPN o ks. Popiełuszce.
Ks. Czajkowski przeprasza za te pierwsze kontakty, mówi o "winie oraz szczerym żalu, który wyraziłem i powtarzam wobec Boga i bliźnich". Jednak z drugiego okresu się rozgrzesza, zaprzecza, że mówił to co zapisał płk Pietruszka i zapewnia: "W moich rozmowach z funkcjonariuszem Służby Bezpieczeństwa (których dzisiaj głęboko żałuję) nie powiedziałem niczego przeciwko ks. Jerzemu Popiełuszce". Księże Michale skąd ta pewność? Skąd ksiądz wie, że spotykając się kilkadziesiąt razy nie powiedział niczego, co ubecy wykorzystaliby przeciwko ks. Jerzemu? Ksiądz tego nie wie, dlatego w sytuacji jakiej się ksiądz znajduje takie słowa są nie na miejscu i podważają wiarygodność skruchy wobec wcześniejszych kontaktów z SB.
Przy różnych zastrzeżeniach dotyczących wiarygodności raportów Pietruszki historycy nie mają wątpliwości, że ks. Czajkowski był cennym źródłem informacji o ks. Jerzym, które były wykorzystywane przez SB do działań operacyjnych przeciwko kapelanowi Solidarności.
Ks. Czajkowski oceniając swoją winę wobec ks. Popiełuszki redukuje własną odpowiedzialność. Publikując oświadczenie w tej sprawie próbuje nam narzucić taką perspektywę. Tymczasem powinien on podjąć próbę obiektywizacji tej sytuacji, spojrzeć na nią z perspektywy SB, a także dzisiejszej, jak patrzą na nią historycy, którzy nie mają wątpliwości, że ks. Czajkowski był cennym informatorem SB.
Nie czuję się uprawniony do oceniania na ile kontakty ks. Czajkowskiego z SB wpłynęły na represje wobec ks. Jerzego, jednak jest rzeczą bezsporną, że ten wpływ był i rozmowy ks. Czajkowskiego z płk. Pietruszką miały bezpośredni związek z szeroko zakrojoną akcją bezpieki wobec ks. Popiełuszki. I chociażby z tego powodu ks. Czajkowski powinien rozważyć, czy, zamiast iść w zaparte, nie byłoby rzeczą właściwą wziąć na swoje sumienie odpowiedzialności za sam fakt tych rozmów i za to, w jaki sposób mogły być wykorzystane. Wówczas jego oświadczenie nie polegałoby na próbie usprawiedliwiania zachowania, którego usprawiedliwić się nie da, ale zaczynałoby się od przeprosin za wszystkie kontakty z SB, a kończyło przeprosinami za spotkania z płk. Pietruszką, np. "nie miałem świadomości, że moje rozmowy z płk. Pietruszką mogły być wykorzystywane przeciwko ks. Jerzemu Popiełuszce, jeśli jednak tak się stało to przepraszam".
