Sędziowie Izby Apelacyjnej uznali jednak, że dowody przedstawione przez śledczych, pozwalają twierdzić, iż Karadźić na początku wojny w Bośni i Hecegowinie dążył do przeprowadzenia ludobójstwa.
W czystkach etnicznych i działaniach wojennych w tym kraju na początku lat 90. zginęło 100 tysięcy muzułmanów i Chorwatów. Międzynarodowy Trybunał do spraw Zbrodni w Byłej Jugosławii stawia przywódcy bośniackich Serbów łącznie 11 zarzutów - w tym drugi zarzut ludobójstwa, dotyczący jego odpowiedzialności za masakrę w Srebrenicy.
Kiedy wchodząca w skład byłej Jugosławii Bośnia i Hercegowina ogłosiła w 1992 roku niepodległość, Radovan Karadźić utworzył niezależną Serbską Republikę Bośni i Hercegowiny ze stolicą w Pale - przedmieściu Sarajewa. Sam ogłosił się jej prezydentem. Wspierany przez prezydenta Serbii Slobodana Miloszevicia kierował przeprowadzaniem czystek etnicznych nie-serbskiej ludności zamieszkującej tereny, nad którymi ogłosił władzę. Muzułmanie i Chorwaci stali się obiektem pogromów i wypędzeń.
Po zakończeniu wojny Karadźić przez wiele lat był poszukiwany przez haski trybunał. Został aresztowany w 2008 roku w Belgradzie, gdzie pod zmienionym nazwiskiem, pracował w klinice medycyny alternatywnej.
